사토시와 그의 친구들은 라루스로 여행을 가서 4년 전에 일어난 사건 때문에 포켓몬을 무서워하는 Tooi라는 소년을 만난다. 한편 우주에서 온 포켓몬인 덕시스가 다시 나타나 도시 주변에 장벽을 두르고 사람들을 납치하고 있다. 대기권에 사는 포켓몬 레이콰자가 싸우러 온다.
도쿄에 사는 소년 '타키'와 시골에 사는 소녀 '미츠하'는 서로의 몸이 뒤바뀌는 신기한 꿈을 꾼다. 낯선 가족, 낯선 친구들, 낯선 풍경들. . 반복되는 꿈과 흘러가는 시간 속, 마침내 깨닫는다
