2046년, 노보루 테라오와 나가미네 미카코는 곧 중학교를 졸업할 친한 친구들이다. 하지만 외계인이 인류를 공격한 후, 미카코는 외계인에 대한 보복을 위한 유엔 군사 우주 탐험에 선발되었다. 별거 중인 노보루와 미카코는 휴대전화로 서로 이메일을 보내면서 연락을 유지하려고 한다. 그러나 탐험대가 지구로부터 더 멀리 이동할수록, 그들이 서로의 메시지를 주고 받는 데 걸리는 시간은 상당히 증가한다.
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그 날 카라쿠라 마을에는 처음으로 이변이 일어났다. 정체를 알 수 없는 생물체 '블랑크' 무리가 마을을 떠돌기 시작한 것이다. 이변에 대해 조사를 시작한 사신대행 쿠로사키 이치고와 쿠치키 루키아. 그런 그들 앞에 참백도 미륵환을 든 수수께끼의 소녀 센나가 나타난다. 소속부대를 비롯해 자신에 대해서는 어떠한 이야기도 하려하지 않는 센나의 정체는 베일에 가려진 채였다.
