60년 전, 어떻게 할 수 없을 정도의 불면증이 세계를 덮친다. 잘 수 없게 된 사람들의 정신은 서서히 병들어가 자살, 중대한 폭력사건이 빈발, 큰 사회문제가 되었다. 신약이 개발되어 그 불면증은 일단 사그라드는 듯 보였으나 그 약에는 부작용이 있어, 20억인이 발병. 기혈종이라는 새로운 생명체가 태어나게 된다. 그리고 기혈종과 인간의 암투가 발발, 인류는 승리를 거뒀지만, 기혈종의 잔당은 아직 이 세계에 존재하고 있다.
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때는 세기말이라 불리는 1998년, 케론별에서는 지구 정복 계획을 세운 뒤 다섯 명의 소대원으로 구성된 선행 부대, 케로로 소대와 본대를 파견했다. 하지만 모종의 사고로 케로로 소대원들은 현지에서 뿔뿔이 흩어지게 됐고 소대의 대장이었던 케로로는 어느 가정집에 불시착하게 된다. 오늘도 등교 준비로 분주한 히나타 남매. 하지만 누나 나츠미는 일찌감치 교복까지 다 갈아입은 반면 동생 후유키는 아직도 꿈나라에 가 있었다. 이에 화가 난 그녀는 동생을 깨우기 위해 동생이 좋아하는 외계인이 있다고 소리친다. 그런데 그 말을 듣고 깨어난 후유키의 시선은 나츠미의 뒤를 향했고 고개를 돌린 나츠미 역시 경악했다. 멀쩡하던 벽지가 서서히 갈라지더니 정체 모를 초록개구리가 이상한 공까지 든 채로 서 있었기 때문이다.
