블랙 기업에서 일하는 사축인 사노 유지. 집에 가지고 온 일을 하고 있으면서 PC에 메세지가 뜬다. 「당신은, 다른 세계에 소환되었습니다!」라고 하면서.. 깨닫고 나서 그 곳은 스테이터스나 스킬이 있는 게임과 같은 세계였다. 유지는 옆에 있던 슬라임을 테이밍하면서 테이머가 된다. 한층 더 이상한 마도서의 힘으로 마법을 배워 제2의 직업 「현자」에 눈을 뜬다! 최약체라고 생각되기 십상인 슬라임을 거느린 유지의 이세계 최강 모험담!
때는 세기말이라 불리는 1998년, 케론별에서는 지구 정복 계획을 세운 뒤 다섯 명의 소대원으로 구성된 선행 부대, 케로로 소대와 본대를 파견했다. 하지만 모종의 사고로 케로로 소대원들은 현지에서 뿔뿔이 흩어지게 됐고 소대의 대장이었던 케로로는 어느 가정집에 불시착하게 된다. 오늘도 등교 준비로 분주한 히나타 남매. 하지만 누나 나츠미는 일찌감치 교복까지 다 갈아입은 반면 동생 후유키는 아직도 꿈나라에 가 있었다. 이에 화가 난 그녀는 동생을 깨우기 위해 동생이 좋아하는 외계인이 있다고 소리친다. 그런데 그 말을 듣고 깨어난 후유키의 시선은 나츠미의 뒤를 향했고 고개를 돌린 나츠미 역시 경악했다. 멀쩡하던 벽지가 서서히 갈라지더니 정체 모를 초록개구리가 이상한 공까지 든 채로 서 있었기 때문이다.