에우레카가 만들어낸 스카브 코랄 안의 가상 세계. 그 붕괴와 함께 가상세계 사람들이 이 지구에 모습을 보여 10년이 지났다. 이 '대융합'의 결과 가상 세계 인류는 '그린 어스'를, 기존의의 지구 인류는 '블루 어스'를 자칭해 수면 아래에서 다양한 충돌을 반복하게 되었다. 그리고 그린 어스군의 고관 듀이 노바크는 자신들의 존엄을 지키기 위해 동료들과 함께 결기해 대규모 테러 계획을 마침내 실행으로 옮긴다...
그 날 카라쿠라 마을에는 처음으로 이변이 일어났다. 정체를 알 수 없는 생물체 '블랑크' 무리가 마을을 떠돌기 시작한 것이다. 이변에 대해 조사를 시작한 사신대행 쿠로사키 이치고와 쿠치키 루키아. 그런 그들 앞에 참백도 미륵환을 든 수수께끼의 소녀 센나가 나타난다. 소속부대를 비롯해 자신에 대해서는 어떠한 이야기도 하려하지 않는 센나의 정체는 베일에 가려진 채였다.
