전작인 이토 준지 컬렉션처럼 옴니버스 형식으로 진행하며 따로 줄거리는 없다. 이토 준지 만화책 에피소드 중 선별된 에피소드를 20개 애니화한다.
명탐정코난극장판 1기 - 시계장치의마천루 . 명탐정 코난 극장판 2기 - 14번째의 표적 . 명탐정 코난 극장판 3기 - 세기말의 마술사 . 명탐정 코난 극장판 4기 – 눈동자속의 암살자 . 명탐정 코난 극장판 5기 – 천국으로의 카운트다운
비행선 스카이 조커와 자동차 로드 조커를 타고 세계를 누비며 보물을 훔치는 조커, 그런 그를 뒤쫓는 경찰들과 탐정, 그리고 같은 보물을 노리는 라이벌들. 그러나, 조커는 어떤 것으로든 변신할 수 있는 이미지 껌을 이용하여 모든 위기를 벗어나고 명화와 보물들을 손에 넣는다. 대담무쌍하고 신출귀몰한 조커의 예측 불가능한 트릭과 액션으로 가득한 이야기.
때는 세기말이라 불리는 1998년, 케론별에서는 지구 정복 계획을 세운 뒤 다섯 명의 소대원으로 구성된 선행 부대, 케로로 소대와 본대를 파견했다. 하지만 모종의 사고로 케로로 소대원들은 현지에서 뿔뿔이 흩어지게 됐고 소대의 대장이었던 케로로는 어느 가정집에 불시착하게 된다. 오늘도 등교 준비로 분주한 히나타 남매. 하지만 누나 나츠미는 일찌감치 교복까지 다 갈아입은 반면 동생 후유키는 아직도 꿈나라에 가 있었다. 이에 화가 난 그녀는 동생을 깨우기 위해 동생이 좋아하는 외계인이 있다고 소리친다. 그런데 그 말을 듣고 깨어난 후유키의 시선은 나츠미의 뒤를 향했고 고개를 돌린 나츠미 역시 경악했다. 멀쩡하던 벽지가 서서히 갈라지더니 정체 모를 초록개구리가 이상한 공까지 든 채로 서 있었기 때문이다.
