여대생 유키는 어느날 곤란에 처해있을 때 같은 대학 선배인 이츠오미의 도움을 받는다. 청각장애가 있어 귀가 들리지 않는 유키에게도 동요하지 않고 자연스럽게 대해주는 이츠오미. 자신에게 새로운 세계를 느끼게 해준 이츠오미를 유키는 점점 의식하기 시작하는데…?!
그 날 카라쿠라 마을에는 처음으로 이변이 일어났다. 정체를 알 수 없는 생물체 '블랑크' 무리가 마을을 떠돌기 시작한 것이다. 이변에 대해 조사를 시작한 사신대행 쿠로사키 이치고와 쿠치키 루키아. 그런 그들 앞에 참백도 미륵환을 든 수수께끼의 소녀 센나가 나타난다. 소속부대를 비롯해 자신에 대해서는 어떠한 이야기도 하려하지 않는 센나의 정체는 베일에 가려진 채였다.
때는 세기말이라 불리는 1998년, 케론별에서는 지구 정복 계획을 세운 뒤 다섯 명의 소대원으로 구성된 선행 부대, 케로로 소대와 본대를 파견했다. 하지만 모종의 사고로 케로로 소대원들은 현지에서 뿔뿔이 흩어지게 됐고 소대의 대장이었던 케로로는 어느 가정집에 불시착하게 된다. 오늘도 등교 준비로 분주한 히나타 남매. 하지만 누나 나츠미는 일찌감치 교복까지 다 갈아입은 반면 동생 후유키는 아직도 꿈나라에 가 있었다. 이에 화가 난 그녀는 동생을 깨우기 위해 동생이 좋아하는 외계인이 있다고 소리친다. 그런데 그 말을 듣고 깨어난 후유키의 시선은 나츠미의 뒤를 향했고 고개를 돌린 나츠미 역시 경악했다. 멀쩡하던 벽지가 서서히 갈라지더니 정체 모를 초록개구리가 이상한 공까지 든 채로 서 있었기 때문이다.
1995년 TV 애니메이션으로 시작해 열혈 마니아 층을 형성하며 지금까지도 꾸준한 인기를 누리고 있는 <신세기 에반게리온>의 새로운 극장판. 당시의 인기를 바탕으로 1997년 개봉된 극장판 애니메이션이 폭발적인 인기를 누리기는 했지만, 모호한 결말 때문에 논란을 불러일으키기도 했다. 그로부터 10년이 지난 2007년, 안노 히데아키는 제대로 된 결말을 보여주기 위해 신극장판 4부작을 기획하기에 이르렀고, <에반게리온 신극장판: 서>는 바로 그 첫 번째 작품이다. ‘세컨드 임팩트’의 충격으로 인류의 절반이 사망하는 참극을 겪은 뒤, 국제연합군과 사도의 전투에 휩쓸리게 된 열네 살 소년 신지는 특무기관 내르프에서 극비리에 개발 중인 인형병기 에반게리온의 파일럿이 되어 적 사도에 맞서 인류를 지키기 위한 전쟁에 나선다.
