좀비가 팬데믹이 발생한 세계. 신주쿠 도쿄 가부키초 타워 안에서 깨어난 아마노 미코토는 그곳에 오기까지의 기억을 잃고 낯선 남자와 함께 구금되어 있었다. 그녀를 구금한 것은 타워에 갇혀있던 6명의 소녀들. 그러나 다음날 아침, 남자가 시체로 발견된다. 범인은 7명 중 한 명이었다.
그 날 카라쿠라 마을에는 처음으로 이변이 일어났다. 정체를 알 수 없는 생물체 '블랑크' 무리가 마을을 떠돌기 시작한 것이다. 이변에 대해 조사를 시작한 사신대행 쿠로사키 이치고와 쿠치키 루키아. 그런 그들 앞에 참백도 미륵환을 든 수수께끼의 소녀 센나가 나타난다. 소속부대를 비롯해 자신에 대해서는 어떠한 이야기도 하려하지 않는 센나의 정체는 베일에 가려진 채였다.
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