총인구 230만명, 토쿄도 서부의 거의 대부분을 점유하고 있는 거대한 도시. 인구의 80%가 학생이라는 점에서 '학원도시'라는 이름으로 불리는 그 곳에서는 초능력의 개발이 이뤄지고 있었다. 특수한 수업을 받아 능력을 얻은 학생들은 정기적인 신체검사(시스템 스캔)에 의해 레벨0(무능력)에서 레벨5(초능력)까지 6단계로 평가를 받게 되며, 그 정점에 위치해 있는 것이 최강이라 불리는 7명의 레벨5(초능력자)들이었다.
평범한 고등학생 쿠로노 케이는 어느 날 지하철에 주정뱅이가 떨어지는 것을 보고 사람이 실제로 죽는 걸 볼 수 있겠다며 기대에 차있다. 하지만 역에서 우연히 만난 초등학교 친구였던 카토 마사루가 같이 도와주자는 바람에 선로로 내려갔다가 지하철에 부딪혀 목숨을 잃는다. 그리고 목숨을 잃음과 동시에 정체불명의 검은 구체가 있는 방으로 전송되어, 구체에서 나온 무기와 슈트를 가지고 정체불명의 성인들과 사투를 벌이게 된다.
사랑을 시작한 엔젤로이드! 과연 시냅스의 운명은 어떻게 될 것인가? 시냅스에서 떨어진 귀엽고 섹시한 엔젤로이드들과 동거하고 있는 토모키는 그야말로 평범한 평화주의자다. 그 중 최강의 엔젤로이드인 이카로스는 토모키를 마스터로 섬기고 있다. 아무런 감정 없이 토모키에게 절대 복종을 하던 이카로스는 어느날 부턴가 토모키에게 적극적으로 구애를 하는 다른 엔젤로이드들에게 질투를 느끼기 시작한다. 그리고 잃었던 기억이 돌아오면서 충격적인 기억을 떠올리게 된다. 이런 이카로스의 마음을 눈치 채지 못한 토모키. 그는 이카로스가 웃지 않는 이유를 자유롭지 않기 때문이라고 오해하여 더이상 자신에게 순종할 필요가 없다고 선언, 주종관계를 이어주던 사슬을 풀어준다. 하지만 이로 인해 이카로스는 더욱 큰 고민에 빠지게 된다. 사랑을 시작한 엔젤로이드. 또 그녀를 특별히 아끼는 토모키. 이와 연결된 시냅스의 운명. 최후의 이야기가 지금 시작된다.
