어린 시절 만났던 마녀 '샤이니 샤리오'를 동경하여 유럽의 마녀육성학교 '루나노바 마법학교'에 입학한 인간 학생인 '앗코 카가리'. 하지만 빗자루도 못 타는 앗코는 늘 소동을 일으키기만 할 뿐이다. 여느 때처럼 소동을 일으킨 벌로 친구인 롯테, 스시와 함께 벌을 받게 된 앗코는 마녀의 역사를 재현하는 퍼레이드에 참가하게 된다. 즐거운 퍼레이드를 만들고 싶은 앗코는 낙제 확정적이지만 퍼레이드의 무대를 마을 전체로 계획하게 되는데........
때는 세기말이라 불리는 1998년, 케론별에서는 지구 정복 계획을 세운 뒤 다섯 명의 소대원으로 구성된 선행 부대, 케로로 소대와 본대를 파견했다. 하지만 모종의 사고로 케로로 소대원들은 현지에서 뿔뿔이 흩어지게 됐고 소대의 대장이었던 케로로는 어느 가정집에 불시착하게 된다. 오늘도 등교 준비로 분주한 히나타 남매. 하지만 누나 나츠미는 일찌감치 교복까지 다 갈아입은 반면 동생 후유키는 아직도 꿈나라에 가 있었다. 이에 화가 난 그녀는 동생을 깨우기 위해 동생이 좋아하는 외계인이 있다고 소리친다. 그런데 그 말을 듣고 깨어난 후유키의 시선은 나츠미의 뒤를 향했고 고개를 돌린 나츠미 역시 경악했다. 멀쩡하던 벽지가 서서히 갈라지더니 정체 모를 초록개구리가 이상한 공까지 든 채로 서 있었기 때문이다.
