일본 각지에 이공간 「마도」가 출현, 마도에 존재하는 「복숭아」가 여성에게만 특이한 능력을 가져오게 되면서 「마방대」라고 불리는 여군이 조직되었다. 어느날 울적한 인생을 보내고 있던 남자 고교생 와쿠라 유우키는 갑자기 발생한 마도의 입구에 휘말리고 만다. 그곳에서 만난 「마방대」 7번대의 미인 대장 우젠 쿄카로부터 “너를 나의 노예로 만들겠다”고 선언 당하는데...!?
1995년 TV 애니메이션으로 시작해 열혈 마니아 층을 형성하며 지금까지도 꾸준한 인기를 누리고 있는 <신세기 에반게리온>의 새로운 극장판. 당시의 인기를 바탕으로 1997년 개봉된 극장판 애니메이션이 폭발적인 인기를 누리기는 했지만, 모호한 결말 때문에 논란을 불러일으키기도 했다. 그로부터 10년이 지난 2007년, 안노 히데아키는 제대로 된 결말을 보여주기 위해 신극장판 4부작을 기획하기에 이르렀고, <에반게리온 신극장판: 서>는 바로 그 첫 번째 작품이다. ‘세컨드 임팩트’의 충격으로 인류의 절반이 사망하는 참극을 겪은 뒤, 국제연합군과 사도의 전투에 휩쓸리게 된 열네 살 소년 신지는 특무기관 내르프에서 극비리에 개발 중인 인형병기 에반게리온의 파일럿이 되어 적 사도에 맞서 인류를 지키기 위한 전쟁에 나선다.