지온 공국군과 지구연방군의 1년 전쟁이 종결된 지 7년 후인 우주세기 0086년, 지구연방군에는 어스노이드 집단이자 자미토프 하이만을 중심으로 한 군사 집단인 '티탄즈'가 실권을 장악한다. '티탄즈'는 그들의 힘을 앞세워 수많은 잔혹 행위를 저지르며 스페이스 노이드를 탄압하고, 이를 저지하기 위해 지구연방군 내 스페이스 노이드를 중심으로 한 반티탄즈 조직인 'A.E.U.G', '에우고'가 등장한다.
그 날 카라쿠라 마을에는 처음으로 이변이 일어났다. 정체를 알 수 없는 생물체 '블랑크' 무리가 마을을 떠돌기 시작한 것이다. 이변에 대해 조사를 시작한 사신대행 쿠로사키 이치고와 쿠치키 루키아. 그런 그들 앞에 참백도 미륵환을 든 수수께끼의 소녀 센나가 나타난다. 소속부대를 비롯해 자신에 대해서는 어떠한 이야기도 하려하지 않는 센나의 정체는 베일에 가려진 채였다.
