지온 공국군과 지구연방군의 1년 전쟁이 종결된 지 7년 후인 우주세기 0086년, 지구연방군에는 어스노이드 집단이자 자미토프 하이만을 중심으로 한 군사 집단인 '티탄즈'가 실권을 장악한다. '티탄즈'는 그들의 힘을 앞세워 수많은 잔혹 행위를 저지르며 스페이스 노이드를 탄압하고, 이를 저지하기 위해 지구연방군 내 스페이스 노이드를 중심으로 한 반티탄즈 조직인 'A.E.U.G', '에우고'가 등장한다.
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때는 세기말이라 불리는 1998년, 케론별에서는 지구 정복 계획을 세운 뒤 다섯 명의 소대원으로 구성된 선행 부대, 케로로 소대와 본대를 파견했다. 하지만 모종의 사고로 케로로 소대원들은 현지에서 뿔뿔이 흩어지게 됐고 소대의 대장이었던 케로로는 어느 가정집에 불시착하게 된다. 오늘도 등교 준비로 분주한 히나타 남매. 하지만 누나 나츠미는 일찌감치 교복까지 다 갈아입은 반면 동생 후유키는 아직도 꿈나라에 가 있었다. 이에 화가 난 그녀는 동생을 깨우기 위해 동생이 좋아하는 외계인이 있다고 소리친다. 그런데 그 말을 듣고 깨어난 후유키의 시선은 나츠미의 뒤를 향했고 고개를 돌린 나츠미 역시 경악했다. 멀쩡하던 벽지가 서서히 갈라지더니 정체 모를 초록개구리가 이상한 공까지 든 채로 서 있었기 때문이다.
