천 년 전, '불의 7일간'으로 불리는 전쟁이 끝난 후 지구는 황폐한 죽음의 행성으로 변했다. 점점 커지는 곰팡이의 숲 '부해(腐海)'가 유독가스를 내뿜어 사람이 살 수 있는 땅도 얼마 남지 않았다. 자연과 대화를 나눌 수 있는 특별한 소녀 나우시카는 그 중 깨끗한 바람계곡에서 살고 있지만 부해는 이 곳 마저 먹어 치울 듯 가깝게 다가 온다.  그러나 바람계곡의 비극은 인간들의 다툼에서 먼저 시작된다. 군사제국 토르메키아가 '불의 7일간'을 초래했던 병기 '거신병'을 부활시키려는 계획을 시작했기 때문이다. 바람계곡은 분쟁에 휘말리고 나우시카는 토르메키아와 맞서는 도시 국가 페지테의 인질이 된다. 그 와중에 나우시카는 부해가 지구를 정화하고 있었다는 사실을 깨닫고 사람들에게 진실을 알리려 하지만...

어느 산에 있는 소수민족의 마을. 이 소수민족 내 전사부대인 '외뿔'의 단장 '반'은 한창 팽창하는 대제국 '츠오르'의 침략에 맞서 전사들을 이끌고 싸우지만 악전고투 끝에 패배하여 전사들은 모두 죽고 대다수의 부족민들은 아내와 아이를 포함해 대학살을 당하며 전사부대에서 유일하게 살아남은 자신마저 남은 부족민들처럼 제국 노예로 끌려가 가장 가혹한 소금 광산 내로 끌려간다. 죽은 아내와 아이를 그리워하며 하루하루 힘들게 살던 반은 어느날 밤, 광산을 습격한 검은 맹수들에게 물리고 만다. 고비는 넘겼지만 물린 상처가 심해 고통스러워하던 그의 앞에 아궁이 속에 버려져 우는 여자 아기가 눈에 들어온다. 반은 이 아기를 자신의 자식처럼 기르게 된다.

미오는 소꿉친구인 아라타가 신경쓰이지만 마음을 전하지 못하고 미묘한 관계를 유지하고 있었다. 어느 날, 사소한 친구의 말을 계기로 둘은 싸우게 되었고, 화해를 하기 위해 아라타에게 향하던 미오는 교통사고를 당하고 만다. 의식을 되찾아 눈을 뜬 미오의 눈 앞에 이상한 세계가 펼쳐지고, 그곳에서 만난 이상한 가이드 기몬과 수수께끼의 여자아이 키쿠와 함께 미오는 아라타가 있는 곳으로 돌아가기 위한 유일한 수단, 소중한 추억 속의 `잃어버린 물건`을 찾아 다니게 된다.

17살 평범한 여고생 '하루'. 매일매일이 따분하기만 하고 즐거운 일이 하나도 없다. 그날은 늦잠 자서 학교도 지각하고 친구들 앞에서 창피까지 당하고 정말 우울한 날이었다. 집에 가는 길에 우연히 트럭[5]에 치일 뻔한 고양이를 구해주었는데 그 고양이가 몸을 툴툴 털고 일어나 고맙다고 인사를 하는 게 아닌가. 그 순간부터 그녀의 일상은 이상한 일로 변화가 생겼다. '하루' 가 구해준 고양이가 고양이 왕국의 '룬' 왕자라는 것이다. 그날 밤 '하루' 의 집에 찾아온 고양이 떼는 자신들의 왕자를 구해준 보답으로 '룬' 왕자와 결혼해달라는 요청과 함께 앞으로는 행복한 일들만 일어날 것이라는 이상한 말을 남긴 채 사라졌다. 다음날부터 '하루' 는 고양이들의 적극적인 감사인사에 휩싸여 정신없이 보내게 된다. 그러던 중 이상한 목소리에 이끌려 고양이 왕국으로 초대되었다. 늘 깜짝 놀랄 만한 일을 기대해왔던 '하루' 에게 진짜 신기한 일이 생긴 것이다.