총인구 230만명, 토쿄도 서부의 거의 대부분을 점유하고 있는 거대한 도시. 인구의 80%가 학생이라는 점에서 '학원도시'라는 이름으로 불리는 그 곳에서는 초능력의 개발이 이뤄지고 있었다. 특수한 수업을 받아 능력을 얻은 학생들은 정기적인 신체검사(시스템 스캔)에 의해 레벨0(무능력)에서 레벨5(초능력)까지 6단계로 평가를 받게 되며, 그 정점에 위치해 있는 것이 최강이라 불리는 7명의 레벨5(초능력자)들이었다.
길고도 긴 여행이었다―. 유랑의 기사가 맞이하는 여행의 끝. 서력 1273년 예루살렘. 과거의 벗과 칼을 겨누게 된다 해도, 먼 옛날의 과오와 마주하게 된다 해도, 최후의 충절을 다하기 위해 베디비어는 열풍이 불어닥치는 모래의 대지 위를 걷는다. 이것은 한 기사의 이야기.
수십 년 전 어느 날, 모든 비극이 시작되었다! 곤과 키르아, 크라피카, 레오리오는 배틀 올림픽을 보러 천공 격투장으로 향한다. 그런데 갑자기 괴한들이 침입해 천공 격투장을 점거한다. 그 괴한들의 정체는 수십 년 전 사라진 줄 알았던 '그림자'의 후예들. 그들이 원하는 건 모든 헌터의 죽음과 헌터 협회의 멸망이다. 그림자의 수장은 수십 년 전 네테로에게 죽임을 당했던 온(怨) 능력자 제드. 네테로 회장마저 인질로 잡힌 위급한 상황에서 곤과 키르아, 크라피카만이 그림자와 맞서 싸우게 되는데…
평범한 고등학생 쿠로노 케이는 어느 날 지하철에 주정뱅이가 떨어지는 것을 보고 사람이 실제로 죽는 걸 볼 수 있겠다며 기대에 차있다. 하지만 역에서 우연히 만난 초등학교 친구였던 카토 마사루가 같이 도와주자는 바람에 선로로 내려갔다가 지하철에 부딪혀 목숨을 잃는다. 그리고 목숨을 잃음과 동시에 정체불명의 검은 구체가 있는 방으로 전송되어, 구체에서 나온 무기와 슈트를 가지고 정체불명의 성인들과 사투를 벌이게 된다.
