크로우국에 살고 있는 샤오랑과 사쿠라. 신분의 차이를 넘어 마음을 나누던 두 사람이었지만, 갑자기 나타난 자객에 의해 이변이 일어난 사쿠라는 모든 기억을 잃고 만다. 사쿠라를 구할 방법은 단 하나. 다른 세계로 흩어진 기억의 깃털을 모으는 것.
천 년 전, '불의 7일간'으로 불리는 전쟁이 끝난 후 지구는 황폐한 죽음의 행성으로 변했다. 점점 커지는 곰팡이의 숲 '부해(腐海)'가 유독가스를 내뿜어 사람이 살 수 있는 땅도 얼마 남지 않았다. 자연과 대화를 나눌 수 있는 특별한 소녀 나우시카는 그 중 깨끗한 바람계곡에서 살고 있지만 부해는 이 곳 마저 먹어 치울 듯 가깝게 다가 온다. 그러나 바람계곡의 비극은 인간들의 다툼에서 먼저 시작된다. 군사제국 토르메키아가 '불의 7일간'을 초래했던 병기 '거신병'을 부활시키려는 계획을 시작했기 때문이다. 바람계곡은 분쟁에 휘말리고 나우시카는 토르메키아와 맞서는 도시 국가 페지테의 인질이 된다. 그 와중에 나우시카는 부해가 지구를 정화하고 있었다는 사실을 깨닫고 사람들에게 진실을 알리려 하지만...
어느 산에 있는 소수민족의 마을. 이 소수민족 내 전사부대인 '외뿔'의 단장 '반'은 한창 팽창하는 대제국 '츠오르'의 침략에 맞서 전사들을 이끌고 싸우지만 악전고투 끝에 패배하여 전사들은 모두 죽고 대다수의 부족민들은 아내와 아이를 포함해 대학살을 당하며 전사부대에서 유일하게 살아남은 자신마저 남은 부족민들처럼 제국 노예로 끌려가 가장 가혹한 소금 광산 내로 끌려간다. 죽은 아내와 아이를 그리워하며 하루하루 힘들게 살던 반은 어느날 밤, 광산을 습격한 검은 맹수들에게 물리고 만다. 고비는 넘겼지만 물린 상처가 심해 고통스러워하던 그의 앞에 아궁이 속에 버려져 우는 여자 아기가 눈에 들어온다. 반은 이 아기를 자신의 자식처럼 기르게 된다.
