거대한 지하 도시로부터 시작된 전설 그 신비한 비밀을 밝히기 위한 모험의 시작! 어느 날, 소녀 ‘아스나’는 아버지의 유품인 광석 라디오를 통해 우연히 듣게 된 신비한 음악에 매료된다. 그 음악을 다시 듣기 위해 자신만의 비밀 장소로 향하던 길에 ‘아스나’는 괴물의 습격을 받게 되고 ‘슌’이라는 소년이 나타나 그녀를 구해준다. 아가르타라는 먼 곳에서 왔다는 ‘슌’에게 두근거리는 감정을 갖게 된 ‘아스나’는 그를 다시 만나기 위해 약속 장소로 가지만 ‘슌’은 나타나지 않는다. 실망감으로 슬퍼하던 ‘아스나’는 신임 교사 ‘모리사키’로부터 지하 세계의 신화에 대해 듣게 되고 그것이 ‘슌’과 관련이 있음을 직감한다. ‘슌’과 똑 닮은 소년 ‘신’과 그를 쫓는 비밀 조직 아크엔젤의 추격 전에 휘말리게 된 ‘아스나’는 지하세계로 가는 문 앞까지 이끌려오게 되고 신임교사 ‘모리사키’가 아크엔젤의 요원임을 알고 놀라게 된다. ‘신’은 ‘아스나’를 뒤로 한 채 지하 세계로 자취를 감추고 ‘아스나’는 ‘모리사키’에게 아가르타로의 모험에 동참하겠다고 말하는데… 과연 그들은 무사히 아가르타에 도착할 수 있을 것인가? 그리고, 그들이 간절히 바라는 소원은 과연 무엇일까!
중앙해를 사이에 두고, 레밤 황국과 아마츠카미 국의 전쟁이 계속되던 어느 날. 일등 비행사 샤를르에게 특급 명령이 떨어진다. 차기 황비인 파나 공주를 바다 건너 카를로 황태자가 있는 곳으로 무사히 모셔야 하는 임무. 적들이 장악하고 있는 12,000km, 파나 공주와 단둘이 위험한 비행을 시작한다. 그러나 극비사항이었던 이들의 작전은 노출되고, 적의 무차별 공격을 받게 되는데…