대기업 아마기 코퍼레이션에서 운영하는 투기장. 그 곳에서 만들어진 생명체 플레이어(ZETMAN)은 본래 아마기 그룹을 위해 아무 의지 없이 싸우던 생명체였으나, 어느 순간 갑자기 지성을 가지게 된 개체가 나오면서 13명의 플레이어가 반역을 일으키고는 탈주하여 인간사회로 숨어든다. 아마기 그룹은 이런 플레이어들을 회수하기 위해 ZET라는 새로운 사냥용 플레이어를 만들지만, 어느 한 연구원에 의해 ZET는 사라지고 만다...
오키나와에 사는 여고생 오토나시 사야. 아빠와 남동생, 그리고 카이와 함께 평화로운 나날을 보내고 있다. 그녀의 유일한 고민은 1년 이전의 기억을 모조리 잃어버렸다는 것... 그러던 어느 날, 의문의 첼로 연주자 하지와 만나며 사야의 일상은 단숨에 무너진다