시골의 무명 중학교에서 중학교 야구 대회 우승을 노리던 사와무라 에이준은 결승조차 가지못한 채 중학교 마지막 경기에서 패배한다. 이후 사와무라는 친구들과 함께 고등학교로 진학해서 새롭게 고시엔을 노리려고 하지만, 도쿄의 야구 명문교인 세이도 고등학교에서 스카웃 제의가 오게 된다. 가본 적 없는 도쿄와 야구 명문교라는 신세계와 친구들과의 우정 속에서 갈등하던 사와무라는 세이도 고등학교로 견학을 가보게 되고, 당시 만났던 1학년 포수와의 짧은 피칭에서의 감동과 이런 사와무라를 응원해주는 친구들의 격려와 배려로 세이도 고등학교로의 진학을 선택하게 된다.
총인구 230만명, 토쿄도 서부의 거의 대부분을 점유하고 있는 거대한 도시. 인구의 80%가 학생이라는 점에서 '학원도시'라는 이름으로 불리는 그 곳에서는 초능력의 개발이 이뤄지고 있었다. 특수한 수업을 받아 능력을 얻은 학생들은 정기적인 신체검사(시스템 스캔)에 의해 레벨0(무능력)에서 레벨5(초능력)까지 6단계로 평가를 받게 되며, 그 정점에 위치해 있는 것이 최강이라 불리는 7명의 레벨5(초능력자)들이었다.
