이 이야기는 우등생으로 꿈에 그리던 아카데미에 등록한 소년 유우키 카가미를 중심으로 전개되며, 소년이 금지 된 여학생 기숙사에 실수로 들어간다. 학교를 떠나야 할 가능성에 직면 한 유우키는 기숙사에서 소녀로 옷을 입어야한다. 무엇보다도 그는 그를 돌봐야하는 여교사 카키 노자 카 아야나와 함께 방을 잡는다.
십 수년 전. 수수께끼의 닌자 가면 남자에 의해 거대한 마수 구미가 풀려나고 만다. 구미에 쫓겨 괴멸 위기에 처한 나뭇잎 마을. 마을을 지킬 수 있는 방법은 단 한가지. 리더인 4대 호카게 미나토와 아내 쿠시나가 함께 막 태어난 아들 나루토의 몸에 구미를 봉인하는 것 뿐. 자신의 생명을 희생한 두 사람에 의해 가까스로 마을은 구해지고, 그 미래는 나루토에게 맡겨지게 되는데.
거대한 우주, 새로운 전투의 시작. 당신의 심장이 다시 뛰기 시작한다. 대재앙 ‘니어 서드임팩트’가 일어난 후 14년. 에바 초호기와 함께 동결상태에 들어갔던 세 번째 아이 ‘신지’가 마침내 눈을 뜬다. 그의 기억이 멈춘 사이 세계는 ‘네르프’와 반네르프 단체 ‘뷔레’가 격돌하는 새로운 국면에 접어들어 있다. 맞서 싸울 수 밖에 없는 운명의 아이들. 그들 앞에 완전히 새로운 세계가 펼쳐지기 시작한다.
