네기 일행은 마법세계를 구하고 마호라 학원에 돌아간다. 그런데 교문에는 ‘마호라학원 중등부 졸업식’이라고 써있는 게 아닌가! 네기 일행은 혼란스러운 틈에도 졸업식을 준비하기 시작한다. 그때, 학원장실에서 네기를 호출한다. 학원장은 네기에게 네기와 동급생들과의 관계를 모조리 바꿔야 하는 결단을 내리도록 강요한다. 네기는 어쩔 줄 몰라 고민하는데……
현대와 전국시대를 오가던 가영과 이누야샤는 카라로부터 숙적 나락의 급소인 심장이 어디에 있는지를 알게 된다. 하쿠도시와 아기는 심장이 없는 나락은 껍데기일 뿐이라 생각하고 스스로 나락의 대신이 되기 위해 사혼의 구슬 조각을 모으면서 모료마루의 힘을 키운다. 이에 말려드는 셋쇼마루와 사혼의 구슬 조각을 가진 코하쿠, 코우가. 한편 금강은 사혼의 구슬을 완성시켜 나락을 소멸시키려 하고, 나락은 사악한 인간의 마음을 손에 넣고 금강을 기다리고 있다.
변방의 미개척 행성, 지표의 대부분이 사막인 이 행성은 과거의 유물인 아법기동로를 사용하고 있었다. 한편 우주에서는 제국과 레지스탕스의 싸움이 진행중이었고, 제국의 파파챠아리노 나나단은, 레지스탕스의 키네 아쿠아를 쫓던중 그녀를 놓치고 만다. 그러나 그녀의 우주선은 사막의 행성으로 추락. 이때 그녀의 우주선에서 흘린 팬을 어느 마을의 소년이 잡았고, 사람들은 신기가 내려왔다고 받들게 된다. 아법을 사용하는 이 행성에서 원형의 링에 문장을 그릴 수 있는 팬은 일종의 선택받은 물건이나 마찬가지이기 때문에, 따라서 비싸게 거래된다. 아운 프레이야는 오늘도 존경하는 가수와의 생활 자금을 벌기 위해서 또 신기를 가지고 도주하고, 오늘도 그녀의 뒤처리를 담당하는 소년 포톤 어스는 싫어하면서도 열심히 아운을 쫓아가서 잡아 오고 있었다.
