네기 일행은 마법세계를 구하고 마호라 학원에 돌아간다. 그런데 교문에는 ‘마호라학원 중등부 졸업식’이라고 써있는 게 아닌가! 네기 일행은 혼란스러운 틈에도 졸업식을 준비하기 시작한다. 그때, 학원장실에서 네기를 호출한다. 학원장은 네기에게 네기와 동급생들과의 관계를 모조리 바꿔야 하는 결단을 내리도록 강요한다. 네기는 어쩔 줄 몰라 고민하는데……
현대와 전국시대를 오가던 가영과 이누야샤는 카라로부터 숙적 나락의 급소인 심장이 어디에 있는지를 알게 된다. 하쿠도시와 아기는 심장이 없는 나락은 껍데기일 뿐이라 생각하고 스스로 나락의 대신이 되기 위해 사혼의 구슬 조각을 모으면서 모료마루의 힘을 키운다. 이에 말려드는 셋쇼마루와 사혼의 구슬 조각을 가진 코하쿠, 코우가. 한편 금강은 사혼의 구슬을 완성시켜 나락을 소멸시키려 하고, 나락은 사악한 인간의 마음을 손에 넣고 금강을 기다리고 있다.
중앙해를 사이에 두고, 레밤 황국과 아마츠카미 국의 전쟁이 계속되던 어느 날. 일등 비행사 샤를르에게 특급 명령이 떨어진다. 차기 황비인 파나 공주를 바다 건너 카를로 황태자가 있는 곳으로 무사히 모셔야 하는 임무. 적들이 장악하고 있는 12,000km, 파나 공주와 단둘이 위험한 비행을 시작한다. 그러나 극비사항이었던 이들의 작전은 노출되고, 적의 무차별 공격을 받게 되는데…
