작품의 배경은 타이쇼우 시대(다이쇼우 시대에 약간 변화를 준 가상의 시대) 태정4년. 강마전쟁이 발발 3년간의 치열한 전투후 악의 세력은 잠시 그 모습을 감춘다. 이 전투의 영웅인 요네다 중장은 전쟁으로부터 1년뒤, 어둠의 세력이 다시 부활하려함을 느끼고 광무라는 병기를 이용한 동경수비대-제국화격단을 결성한다.....
1995년. 일본의 한 섬에서 섬주민 800여명이 하룻밤에 모습을 감추는 전대미문의 사건이 발생한다. 원인은 불명. 마치 신이 숨겨버린 듯한 그 괴이한 사건은 이후로 '카미카쿠시(神隠) 사건'이라 불리게 되었고, 섬에는 모든 기억을 잃은 소녀 한 명만이 남겨져 있었다. 그로부터 5년 후, 16세가 된 소녀 마리는 그동안 자신을 맡아 길러준 할머니 곁을 떠나 기숙사제 여학교인 사립 카이오 학원에 편입하게 된다. 그곳에서 마리가 대면하게 된 소녀 하기노는, 반장으로서의 직무를 완벽하게 수행해 내며 다른 학생들로부터도 신망을 받는 성실한 학생이었지만, 마리의 손에 닿은 순간 폭주하여 마리에게 덤벼들어 목을 조르기 시작한다. 그 후 다른 학생들 앞에서는 아무 일도 없었다는 듯이 행동하는 하기노에게 분노와 반발심을 품으면서도, 어째서인지 마리는 하기노에게 이끌리고 만다.
