아버지가 빚으로 가출하고 살 집이 없어진 나나미는 공원에서 우연히 만난 토지신 미카게에게 신사 주인의 자리를 받아 신령님이 된다. 그러나 아직 토지신으로서 미숙한 나나미는 토모에의 도움을 받고 어느새 토모에를 좋아하게 되는데......
줄거리 갑자기 현대에 모습을 드러내고 공격해오는 수수께끼의 괴물들. 극한상황에서 그저 농락당할 뿐인 사람들. 괴물은 왜 나타났으며 인간을 공격하는가... 과학자 반바 소스케는 키워드 「카게와니」를 실마리로 진실을 쫓는다.
네기 일행은 마법세계를 구하고 마호라 학원에 돌아간다. 그런데 교문에는 ‘마호라학원 중등부 졸업식’이라고 써있는 게 아닌가! 네기 일행은 혼란스러운 틈에도 졸업식을 준비하기 시작한다. 그때, 학원장실에서 네기를 호출한다. 학원장은 네기에게 네기와 동급생들과의 관계를 모조리 바꿔야 하는 결단을 내리도록 강요한다. 네기는 어쩔 줄 몰라 고민하는데……
현대와 전국시대를 오가던 가영과 이누야샤는 카라로부터 숙적 나락의 급소인 심장이 어디에 있는지를 알게 된다. 하쿠도시와 아기는 심장이 없는 나락은 껍데기일 뿐이라 생각하고 스스로 나락의 대신이 되기 위해 사혼의 구슬 조각을 모으면서 모료마루의 힘을 키운다. 이에 말려드는 셋쇼마루와 사혼의 구슬 조각을 가진 코하쿠, 코우가. 한편 금강은 사혼의 구슬을 완성시켜 나락을 소멸시키려 하고, 나락은 사악한 인간의 마음을 손에 넣고 금강을 기다리고 있다.
