여름대회에서 고시엔을 앞둔 결승전에서의 통한의 패배를 겪은 세이도 고등학교 야구부. 그 동안 든든하게 지켜줬던 3학년생들의 졸업과 신 캡틴 미유키 카즈야를 중심으로 한 신팀의 개시가 이뤄지기 시작한다. 여름방학이 끝나고 단풍이 물드는 계절과 함께 열리는 가을대회가 세이도에 찾아온다. 가을대회의 우승팀은 3월에 있을 봄 고시엔에 참가가 가능하기에 카타오카 감독님을 붙잡기 위해서라도 그리고 여름의 치욕을 갚기 위해서라도 세이도 야구부는 가을대회의 우승을 노리며 힘차게 달려나간다. 그러나 첫 경기의 상대는 동도쿄의 여름 고시엔 출전 팀인 테이토 고등학교, 과연 세이도 야구부는 가을의 승리를 따낼 수 있을 것인가?

시골의 무명 중학교에서 중학교 야구 대회 우승을 노리던 사와무라 에이준은 결승조차 가지못한 채 중학교 마지막 경기에서 패배한다. 이후 사와무라는 친구들과 함께 고등학교로 진학해서 새롭게 고시엔을 노리려고 하지만, 도쿄의 야구 명문교인 세이도 고등학교에서 스카웃 제의가 오게 된다. 가본 적 없는 도쿄와 야구 명문교라는 신세계와 친구들과의 우정 속에서 갈등하던 사와무라는 세이도 고등학교로 견학을 가보게 되고, 당시 만났던 1학년 포수와의 짧은 피칭에서의 감동과 이런 사와무라를 응원해주는 친구들의 격려와 배려로 세이도 고등학교로의 진학을 선택하게 된다. 

대학생 타이치와 다른 선택받은 아이들은 모두 각자의 자리에서 저마다의 삶을 살아가고 있다. 그러던 어느 날, 전 세계의 '선택받은 아이들'에게 의문의 사건이 일어나기 시작한다. 에오스몬이라 불리는 디지몬에 그 원인이 있음을 알게 된 타이치 일동은 에오스몬을 제압하려 하지만 이내 아구몬을 비롯한 디지몬들의 진화에 문제가 발생하는데… 세상의 이변에서 다시 한 번 친구들을 구할 수 있을까?......

자꾸만 신경 쓰여, 마주치면 기뻐! 첫 만남은 최악이었지만 알 수 있었다. 좋아하게 돼! 모두가 첫사랑 진행 중!  친오빠 ‘세토구치 유우’처럼 남자다운 스타일이 이상형이었던 ‘세토구치 히나’는  복도에서 우연히 마주쳐 싸움까지 갈 뻔한, 이상형과 정반대인 선배 ‘아야세 코유키’와의 만남 이후  설레는 마음을 멈출 수가 없다. 

해적들은 가보로 내려오는 지도를 훔치다가 키츠네를 우연히 납치한다. 천방지축 인질 키츠네는 신참 해적 부타로부터 도움을 얻어 함께 도망친다. 둘은 지도를 되찾기 위해 해적들과 함께 싸우던 중, 그 의문의 지도가 실은 보물지도임을 알게 된다.초등학교 6학년인 보쿠는 4명의 아이들이 한 친구를 집단으로 괴롭히고 있다는 사실을 알고 있지만 자신 또한 괴롭힘을 당하는 것이 두려워 모르는 척을 하고 만다. 괴롭힘은 더욱 심해져만 가고, 괴롭힘을 당하던 친구는 예상치 못한 행동을 한다.....

돌아보면 어떤 추억도 보물 그 시절, 우리는 어떤 모습이었을까?  어느 날, 고등학교의 동창회에 가게 된 오소마츠 6쌍둥이들. 제대로 된 어른으로 성장해 사회인으로서 활동하는 동급생들과 비교되는 자신들의 한심한 현실에 의기소침해져 홧김에 술을 들이키고는 잠이 든다. 다음날 아침, 눈을 뜬 오소마츠 형제들은 무언가 평소와 다르지만 어디선가 본 적이 있는 풍경을 발견한다. 혹시 이것은 과거? 그 순간 “6명 중 이 시절에 큰 후회를 남긴 사람이 있다”라는 말을 듣게 되고, 진실을 확인하기 위해 형제들은 그 시절, 18살의 자신들과 만나러 가는데…