전작 시스터 프린세스 1기의 인기에 힘입어 제작된 2기 TV 시리즈. 2002년 10월 2일부터 매주 수요일 심야 0시 55분에 TV토쿄를 통해 방송된다. 이번 2기에서는 1기에서의 내용과 달리 매화 마다 1명의 여동생이 등장하여 와타루를 만나 스토리 전개가 되는 옴니버스 형식이다. 1기와는 달리 12명의 동생과 오빠인 와타루가 각각 다른 곳에 떨어져 살며 마치 영상 일기를 보는듯한 느낌을 전해준다.
극장판１ - 극장판 울려라! 유포니엄 ～키타우지 고교 취주악부에 어서 오세요～ - 극장판２ 극장판 울려라! 유포니엄 ~전하고 싶은 멜로디~ - 극장판３ 리즈와 파랑새 - 극장판４ 극장판 울려라! 유포니엄 ~맹세의 피날레~
땅이 흔들렸다. 바다가 포효했다. 훨씬 더 큰 재난이 뒤따랐다. 그리고 나서... 해변가에 작은 집 한 채가 서 있다. 그날 이후로 돼지꼬리 꼬챙이 소녀가 그곳에서 혼자 살고 있다. 우편물은 더 이상 배달되지 않지만, 오늘 아침에도 그녀는 평상시처럼 빨래를 널고 있다. 그녀는 주위의 모든 옷가지들이 다투고, 베개가 우산을 가지고 바깥 세상에 대해 다투고, 새 칫솔이 조용하고 낡은 칫솔에 대해 예의를 갖추려고 애쓰는 것을 알지 못한다. 물건이 소비되거나 부서질 때까지 사용될 것이 존재하는가? 그들은 일단 그들의 생애 주기가 끝나면 버려지는 것을 두려워하는가?
변방의 미개척 행성, 지표의 대부분이 사막인 이 행성은 과거의 유물인 아법기동로를 사용하고 있었다. 한편 우주에서는 제국과 레지스탕스의 싸움이 진행중이었고, 제국의 파파챠아리노 나나단은, 레지스탕스의 키네 아쿠아를 쫓던중 그녀를 놓치고 만다. 그러나 그녀의 우주선은 사막의 행성으로 추락. 이때 그녀의 우주선에서 흘린 팬을 어느 마을의 소년이 잡았고, 사람들은 신기가 내려왔다고 받들게 된다. 아법을 사용하는 이 행성에서 원형의 링에 문장을 그릴 수 있는 팬은 일종의 선택받은 물건이나 마찬가지이기 때문에, 따라서 비싸게 거래된다. 아운 프레이야는 오늘도 존경하는 가수와의 생활 자금을 벌기 위해서 또 신기를 가지고 도주하고, 오늘도 그녀의 뒤처리를 담당하는 소년 포톤 어스는 싫어하면서도 열심히 아운을 쫓아가서 잡아 오고 있었다.
