일 년 전, 교통사고로 아버지를 잃은 초등학교 6 학년 ‘유타’는 이번 여름방학도 아버지와 함께 갔던 시골에 찾아간다. 하지만 댐이 건설되어 마을은 물에 잠겨 사라진 지 오래. 딱정벌레를 잡으려고 산 속을 헤매던 중, 유타는 이상한 할아버지를 만나게 된다. 할아버지가 사라진 뒤, 갑자기 폭우가 내리고 유타는 그만 급류에 휩쓸려 정신을 잃고 만다. 그리고 깨어났을 때 눈 앞에 ‘사에코’라는 여자아이와 마주하게 된다. 사에코를 집에 데려다 주려고 산 밑을 내려다 보는 순간, 없어졌던 마을이 눈 앞에 펼쳐진다. 30년 전으로 시간여행을 하게 된 것. 혼자 계신 어머니가 걱정되지만 이곳에서 여름방학을 보내야 하는 어쩔 수 없는 마법에 걸려 버린다. 사에코는 유타를 사촌오빠로 여기고 마을 친구 켄조와 함께 여름방학 한달 동안 과거의 시골 마을에서 생활을 한다....
십 수년 전. 수수께끼의 닌자 가면 남자에 의해 거대한 마수 구미가 풀려나고 만다. 구미에 쫓겨 괴멸 위기에 처한 나뭇잎 마을. 마을을 지킬 수 있는 방법은 단 한가지. 리더인 4대 호카게 미나토와 아내 쿠시나가 함께 막 태어난 아들 나루토의 몸에 구미를 봉인하는 것 뿐. 자신의 생명을 희생한 두 사람에 의해 가까스로 마을은 구해지고, 그 미래는 나루토에게 맡겨지게 되는데.
