승객 여러분 중에 탐정님은 안 계십니까? ... 4년 전, 지상 1만 미터 위의 상공에서 나와 그녀의 이야기는 시작되었다. 평범한 고등학생인 나 키미즈카 키미히코는 완전무결한 연루 체질로, 수수께끼의 검은 옷을 입은 자들에게 수수께끼의 007가방의 운반책이 된 뒤, 하이재킹 된 비행기 안에서 만난 천사처럼 아름다운 탐정 소녀 시에스타의 조수가 된 것이다. 그리고

서점에서 일하는 미카도 고스케는 언뜻 평범한 청년이지만 어릴 때부터 영혼이 보이는 특이체질에 시달리고 있었다. 어느날 서점에 찾아오는 제령사 히야카와 리히토가 그 체질을 알아내 권유에 의해 그의 제령사무소의 조수가 되었다. 여러가지 의뢰를 받고 제령업무를 하는 가운데, 두 사람은 형사인 한자와 히로키로부터 1년 전에 일어난 연쇄살인사건 이야기를 꺼내게 되어 그 수수께끼를 쫓게 되었다.

위험천만한 아카이 일가, 대집결!  그들이 모두 모일 때, 운명은 뒤바뀐다!    전 세계인의 축제 WSG(World Sports Games)의 개최를 앞둔 일본. 이를 기념해 시속 1,000km를 자랑하는 진공 초전도 리니어의 개통이 발표된다. 모두가 이를 주목하는 가운데, WSG의 공식 후원사 대표들이 연쇄 납치를 당하고, 코난은 이 사건이 15년 전 미국 보스턴에서 발생한 WSG 연쇄 납치 사건과 관련이 있다는 것을 밝혀내는데… 이를 지켜보는 아카이 슈이치와 FBI, 그리고 절대로 만나서는 안 될 위험천만한 가족이 모인다.   시속 1,000km로 질주하는 진공 초전도 리니어, 범인과의 목숨을 건 마지막 결판이 펼쳐진다!

어린 나이부터 초자연적인 능력으로 안전한 과학시설에 갇힌 기리하라 형제가 오작동을 막고 있던 장벽을 뚫고 탈출한 내용이다. 이 이야기는 또한 키리하라 형제를 쫓기 위해 노력하는 쿠로키 형제를 따라다닌다.

이 시리즈는 젊은 천재 인 여성 연구원 인 메이 카미노와 남성 엔지니어 인 아리카와 윤이 동료들과 전례없는 위협을 가하는 모습을 그린 오리지널 스토리를 담고 있습니다. 깊은 곳에서 위험이 닥치면 젊은 천재 메이, 윤, 그리고 그들의 팀만이 고질라 싱귤러 포인트에서 위협에 맞설 수 있습니다! 

그 정체는 수수께끼에 싸여, 각자 복잡하게 서로 얽혀있는 위험한 일가 아카이 패밀리. 라이하 고개에서 사망했다고 여겨졌던 아카이 슈이치를 중심으로 풀어지는 세라 마스미, 하네다 슈키치, 메리의 관계성. 라이하 고개에서 화려한 부활을 한 아카이 슈이치. 아카이 슈이치와 오키야 스바루의 관계를 추궁하는 아무로 토오루. 그리고 일련의 '부재 증명극' 진상의 배후에는, 코난의 모습이—.