먼 미래, 마지막 전쟁 이후 마침내 뱀파이어들이 밤을 지배하게 된다. 그러나 그들은 알 수 없는 원인으로 점차 소멸해가고, 일부 남은 뱀파이어들만이 사람들을 공포에 떨게 한다. 사람들의 피해가 늘어감과 동시에 이러한 뱀파이어들을 잡기 위한 뱀파이어 헌터들이 탄생한다. 이 가운데 뱀파이어와 인간의 혼혈인 D는 뛰어난 사냥 솜씨와 출중한 외모, 그리고 알 수 없는 신비감으로 인해 사람들 입에 회자된다....
수십 년 전 어느 날, 모든 비극이 시작되었다! 곤과 키르아, 크라피카, 레오리오는 배틀 올림픽을 보러 천공 격투장으로 향한다. 그런데 갑자기 괴한들이 침입해 천공 격투장을 점거한다. 그 괴한들의 정체는 수십 년 전 사라진 줄 알았던 '그림자'의 후예들. 그들이 원하는 건 모든 헌터의 죽음과 헌터 협회의 멸망이다. 그림자의 수장은 수십 년 전 네테로에게 죽임을 당했던 온(怨) 능력자 제드. 네테로 회장마저 인질로 잡힌 위급한 상황에서 곤과 키르아, 크라피카만이 그림자와 맞서 싸우게 되는데…
무기 사용이 허용된 지하 투기장에 '최강의 상징' 미야모토 무사시가 마침내 강림한다. 신이라 불릴 정도의 힘을 가진 강자 미야모토 무사시. 그리고 그런 그에게 차례로 도전하는 오로치 돗포, 시부카와 고키, 레츠 카이오 등 지하 투기장의 강자들. 칼 대 주먹, 패배하면 죽음이 기다리는 사투에 전사들은 가슴이 요동친다.인류사 최강을 결정짓는 새로운 싸움에 전력으로 임하는 바키, 그리고 지하 투기장 투사들의 용맹한 모습에서 눈을 떼지 마라!
