평범한 산골 소년이 뜻밖에 강호 문파의 기명제자(記名弟子)로 발을 들이게 된다. 소년은 어느 날 우연히, 신체의 잠재된 능력을 극대화하는 약재들을 만들 수 있는 신기의 병(甁)을 얻는다. 여러 단약으로 신체를 육성한 한립은, 최고의 법술과 도술을 연마하여 자신에게 위해되는 문파와 도인들의 계략에 맞서 싸워, 당당히 천하를 발 밑에 두게 될 수 있을 것인가?
미지의 존재인 '무'는 쥬피터 형태의 장벽으로 도쿄를 감싸 점령힌다. 도쿄에 남아있는 카미나 아야토는 어느 날 하루카라는 여인을 만나고, 자신이 세계를 변화시킬 사람이라는 말을 듣게 된다. 그녀의 도움으로 능력을 자각한 아야토는 절대 장벽 밖으로 나가려고 시도하는데...
땅 속에서 화석연료가 나지 않는 세계, 크루존 대륙. 그 곳에 살고 있는 사람들은 누구나, 개인차는 있지만 태어날 때부터 ‘수정’을 자유롭게 조종할 수 있는 ‘마력’을 가지고 있고, 그들은 크루존 대륙의 유일한 동력원 ‘수정’을 이용하여 빛과 연료, 기계의 동력 등으로 활용하고 있었다. 그 속에서 ‘마력을 지니지 못하고 태어난 존재’ 라이가트는, 학우이자 국왕이기도 한 호즐에게 소환되어 왕도로 향하고, 거기서 놀랄만한 사실을 알게 되는데..!
태양계 멸망 이후 천년, 인류는 시도니아라는 인공 방주를 타고 우주를 떠돈다. 하지만 시도니아를 노리는 우주 생명체 '가우나'에게 매일 생존의 위협을 받고 있다. 어느날 지하 세계에서 할아버지와 살고 있던 타니카제 나카테가 쌀을 훔치기 위해 지상으로 나온다. 붙잡혀 취조를 받게 된 그에게 신변 보호를 자처하는 사람이 나타나게 되고, 그는 모리토 조종사가 된다. 첫 출전에 '츠구모리'라는 기체에 타게 되면서 이목을 끌게 된 타니카제는 몇번의 출전을 통해 정식 조종사로 임명 받는다. 그리고 이에 자극을 받은 조종사 '쿠나토'는 그를 위험에 빠뜨리기 위한 어떤 계략을 준비하게 된다.
