영국에서 레이튼 교수와 함께 대 활약 중인 루크. 이 둘이 또 다시 사건 하나를 해결하면서 소개를 하다가 루크의 과거 회상으로 이야기가 시작된다. 때는 마신의 피리 사건 이후. 어느 날 레이튼의 전 제자이자 오페라 가수인 '제니스 커틀레인'으로부터 편지가 온다. 그 내용인즉슨, 자신의 죽은 친구인 '밀리나 위슬러'가 영원한 생명을 얻어 아이의 모습으로 나타났으니 도와달라고 한다. 그래서 사건을 해결하기 위해 레이튼 교수와 루크, 그리고 조수인 레미는 '크라운 페토네 극장'으로 향한다. 하지만 오페라를 보러온 사람들은 오페라의 뒷면에 가려진 '영원한 생명을 얻는 대회'에 참가하기 위해 온 사람들이고 대회에서 우승하기 위해, 레이튼 교수 일행은 사건의 진상을 밝혀내기 위해 수수께끼를 풀게 된다. 그리고 이 대회의 뒷면에는…….
'게임' 위그드라실의 서비스 종료를 앞둔 밤. 아인즈 울 고운'의 길드장이자 '나자릭 지하대분묘'의 주인인 언데드 매직 캐스터 '모몬가'는,게임의 종료와 동시에 길드 아지트인 나자릭 지하대분묘 전체가 이세계로 전이한 것에 깨닫게 된다. NPC들은 자신만의 개성을 얻어 살아 움직이고 모몬가는 더 이상 이것이 '게임'이 아니라 '또 다른 세상'이라는 사실을 깨닫게 된다. 강력한 힘을 지녔음에도 불구하고 한 치 앞도 짐작하기 힘든 상황 속에서 자신의 '무지'와 신중하게 싸워 나가며 모몬가는 한발 한발을 내딛는다.
때는 서기 1333년, 사무라이에 의한 일본 통치의 초석을 다진 카마쿠라 막부는 신뢰하던 신하 아시카가 타카우지의 모반에 의해 멸망한다.
모든 것을 잃고 절망의 늪에 빠진 막부의 정통 후계자 호우죠우 토키유키는, 신을 자처하는 신관 스와 요리시게의 인도로 불타는 카마쿠라를 탈출했다...
도망쳐 도착한 스와의 영지에서 믿을 수 있는 신하와 만나 카마쿠라를 탈환할 힘을 모으는 토키유키. 시대가 바뀌는 커다란 파도를, 「싸워」「죽는」 사무라이 방식과는 반대로 「도망쳐」「사는」 것으로 넘긴다.
영웅 가득한 난세에 펼쳐지는 토키유키의, 천하를 되찾을 숨바꼭질은 과연 어떻게 될 것인가...
이세계 생활은, 고향 방문조차도 대모험……!? 교통사고(!?)로 허무하게 인생의 막을 내릴 예정이었던 게임을 사랑하는 은둔형 외톨이 사토 카즈마는, 어쩌다 보니 여신 아쿠아를...
