마법소녀 마도카☆마기카 시작의 이야기 - 극장판1 . 마법소녀 마도카☆마기카 영원의 이야기 - 극장판2 . 마법소녀 마도카☆마기카[신편] 반역의 이야기 -극장판3

막부 말의 동란기 교토에, '칼잡이 발도재'라 불리는 지사가 있었다. 악귀처럼 사람을 베며 피로 물든 칼로 새로운 시대 메이지를 개척한 그 남자는, 동란의 종결과 함께 '최강'이라는 이름의 전설만 남기고 사람들 앞에서 모습을 감췄다. 그리고 시대는 흘러 메이지 11년―.

나미의 배신! 하지만 그녀의 배신에는 이유가 있다!  갑자기 고잉 메리호를 훔쳐서 달아난 나미. 루피, 조로, 우솝, 상디는 나미를 찾아서 아론 파크로 떠난다.  아론 파크는 아론이 지배하는 섬으로 마을 사람들은 8년째 고통 받고 있다.  나미는 마을을 구하기 위해 '1억 베리'를 모아 마을을 사겠다는 계약을 맺고 아론의 측량사로 일하고 있었다.  이제 조금만 더 모으면 마을도 자신도 자유로워질 수 있을 거란 희망으로 버티고 있는 나미.  하지만 그 희망은 절망으로 변하는데...

일본의 어딘가에 존재하는 세상에서도 굴지의 명문 여고인 성 미아토르 여학원, 성 스피카 여학원, 성 르 림 여학원에 다니게 되어버린 3명의 소녀인 나기사, 히카리, 키즈나. 게다가 3명 모두 집을 떠나고, 3학원 합동 기숙사인 

인구 600명의 작은 섬, 토나키 섬에 사는 하나는 섬 아이들을 위해 낭독회를 열 정도로 낭독을 좋아한다.
하나의 낭독에서 사람을 끌어당기는 힘을 느낀 미즈키는 자신이 부장을 맡고있는 방송부로 들어올 것을 권유한다.

「네가 진심으로 바라는 걸 말해. 내가 이뤄 줄게.」
「저, 방송부에 들어가고 싶어요.」

입부를 결의한 하나는 많은 것을 방송부의 멤버들과 함께 하며 낭독을 좋아하는 마음이 더 깊어져 간다.

외딴 산골에서 할아버지에게 사냥을 배워 솜씨 좋은 사냥꾼으로 성장하고 있는 소녀 하마지. 무사가 되겠다면서 일찌감치 산골을 떠나 수도인 에도에서 살고 있는 오빠 도세츠. 할아버지마저 돌아가신 뒤 혼자가 된 여동생의 소식을 전해 듣고, 자기가 보살펴줄 테니 에도로 오라고 편지를 보낸다. 도세츠의 집을 찾아 에도를 헤매던 중, 하마지는 죽은 개의 목이 즐비하게 놓여져 있는 광경에 충격을 받는다. 에도의 군주가 현상금을 걸어 인간(人)과 개(犬)의 혈통을 이어받은 '후세(伏)'를 사냥하게 한 뒤, 전리품으로 전시해 놓은 것이었다. 우연히 거리에서 만난 백발소년 시노의 도움으로 오빠를 무사히 만나게 된 하마지는 사냥꾼의 본능으로 후세를 쫓는다. 그리고 마침내 시노가 마지막 남은 후세라는 사실을 알게 되는데...