지구 멸망의 위기에서 발동한 네크로시스 작전의 발안자였던 애드록 서스턴은 작전을 반대하여 구금되어 있다가 탈출, 인간형 코랄리언 유레카와 함께 인류를 구하기 위해 나선다. 작전의 오류를 스스로의 희생으로 막은 애드록 덕분에 인류는 멸망의 위기를 가까스로 넘기지만... 한편, 아버지를 잃은 랜턴은 국경도시 벨 포레스트에서 단조로운 나날을 보내고 있었다. 그러던 어느날, 랜턴 앞에 LFO라는 세계에서 가장 오래된 기체 니르밧슈가 내려오고 그 조종석에서 유레카라고 지칭하는 소녀가 모습을 드러낸다.
봉인된 마법의 힘을 깨운 소녀, 마녀가 되다!도시에서 시골 친척집으로 이사온 후 지루한 일상을 보내던 소녀 메리는 어느 날, 길 잃은 고양이를 따라갔다가 신비로운 숲을 발견한다.그 곳에서 7년에 한 번 밖에 피지 않는 비밀스러운 마녀의 꽃 '야간비행'과 마법으로 봉인된 낡은 빗자루를 발견하는 메리.'야간비행'을 통해 메리는 마법의 힘을 얻고, 낯선 마법세계에 도착한다. 그러나 마녀의 꽃 '야간비행'의 비밀이 서서히 드러나면서 메리는 위기에 처하게 되는데...평범한 소녀 메리의 환상적인 모험12월, 가슴 뛰는 마법이 시작된다!
말하는 모토라도 '에르메스'와 함께 여행하는 소녀, '키노'의 이야기.
