부모님의 사정으로 인해 초등학교 5학년 때 정든 고향인 사쿠라노모리쵸를 떠나 토쿄로 이사했다가, 5년 만에 홀로 다시 고향으로 되돌아오게 된 고등학생 히다카 사나. 그러나 추억 속에 남아있던 그리운 마을의 풍경도, 다시 만나게 된 어릴 적 친구들도 5년 전과는 크게 달라져 있었다. 무엇보다 가장 많이 변한 것은 소꿉친구이자 첫사랑이었던 소녀 야츠시로 나나카였다. 나나카의 맑고 깨끗한 눈동자와 귀여운 미소를 띤 얼굴은 어디론가 사라져 버리고, 그녀는 어째서인지 어둡고 자신만의 세계에 갇혀 사는 소녀가 되어 있는 것이었다. 기억 속에 간직되어 있는 소중한 정경들과 갑자기 조우하게 된 현실의 차이에서 사나는 당혹을 감추지 못하는데...
불량학생인 오카자키 토모야는 어느날 학교 언덕길에서 후루카와 나기사라는 여학생과 만나게 된다. 토모야는 나기사와 여러가지 일을 겪게 되는데...
천방지축에 겁도 없이 덩치 큰 친구들에게 덤비곤 하는 이치노세 카이. 그는 숲 속에 버려진 피아노가 유일한 친구이다. 자기 방식대로 연주하며 어느새 천재적인 재능을 소유하게 된 카이. 어느 날 동경에서 전학 온 아마미야 슈헤이를 만나게 되고 그가 피아노 레슨을 받고 있다는 사실을 알게 된 카이는 그를 ‘피아노의 숲’으로 데리고 간다.
물리학자인 하인츠 슈나이더를 살해했다는 혐의로 쫓기고 있는 소녀 에리스. 에리스도 미처 알지 못하는 사이에 뒷세계에서는 그녀에게 거액의 상금을 내걸고 에리스를 뒤쫓고 있었다. 현상금 사냥꾼인 나디는 멕시코의 한 시골 마을에서 에리스를 발견하지만, 어쩌다보니 다른 현상금 사냥꾼의 손에서 에리스를 구해주게 된다. 에리스는 사건의 진상을 알아내기 위해 추적자를 피해가며 남쪽으로 향하고 있었다. 그곳에는 그녀가 태어난 '고향'이 있으며, 고향에 가면 자신이 알지 못하는 과거에 대해 알 수 있을 거라고 확신하고 있었다. 그러나 에리스에게 주어진 단서는 운명을 이끌어 준다는 잉카로즈의 원석과 '우이냐이마르카'라는 수수께끼의 말 뿐.
환경파괴로 지구를 떠나 다른 혹성에 진출한 인류 중 일반인들이 돌연변이로 탄생한 '뮤'라는 초능력자들을 없애려하자 있을지 없을지도 모르는 지구를 찾아 '뮤'들이 떠나는 이야기 ...
