졸업 여행으로 미국에 간 모리미 사키는 백악관 앞에서 실오라기 하나 걸치지 않은 전라의 한 남자를 만난다. 기억을 잃은 채, 권총과 82억의 전자 화폐가 충전된 핸드폰을 손에 쥐고 있었던 남자는 타키자와 아키라. 그는 100억이 들어있는 핸드폰으로 세상을 구하기 위해 선택 받은 12명 중의 한 명이었다. 어느 날, 60발의 미사일 공격이라는 누구도 알 수 없는 위험과 대결을 펼친 그는 끝까지 자신을 믿어준 모리미 사키에게 마지막 메시지가 담긴 핸드폰을 건네고, 또 다시 기억을 지우고 돌연히 사라진다.....
영국에서 레이튼 교수와 함께 대 활약 중인 루크. 이 둘이 또 다시 사건 하나를 해결하면서 소개를 하다가 루크의 과거 회상으로 이야기가 시작된다. 때는 마신의 피리 사건 이후. 어느 날 레이튼의 전 제자이자 오페라 가수인 '제니스 커틀레인'으로부터 편지가 온다. 그 내용인즉슨, 자신의 죽은 친구인 '밀리나 위슬러'가 영원한 생명을 얻어 아이의 모습으로 나타났으니 도와달라고 한다. 그래서 사건을 해결하기 위해 레이튼 교수와 루크, 그리고 조수인 레미는 '크라운 페토네 극장'으로 향한다. 하지만 오페라를 보러온 사람들은 오페라의 뒷면에 가려진 '영원한 생명을 얻는 대회'에 참가하기 위해 온 사람들이고 대회에서 우승하기 위해, 레이튼 교수 일행은 사건의 진상을 밝혀내기 위해 수수께끼를 풀게 된다. 그리고 이 대회의 뒷면에는…….
