십 수년 전. 수수께끼의 닌자 가면 남자에 의해 거대한 마수 구미가 풀려나고 만다. 구미에 쫓겨 괴멸 위기에 처한 나뭇잎 마을. 마을을 지킬 수 있는 방법은 단 한가지. 리더인 4대 호카게 미나토와 아내 쿠시나가 함께 막 태어난 아들 나루토의 몸에 구미를 봉인하는 것 뿐. 자신의 생명을 희생한 두 사람에 의해 가까스로 마을은 구해지고, 그 미래는 나루토에게 맡겨지게 되는데.

거대한 우주, 새로운 전투의 시작. 당신의 심장이 다시 뛰기 시작한다.  대재앙 ‘니어 서드임팩트’가 일어난 후 14년. 에바 초호기와 함께 동결상태에 들어갔던 세 번째 아이 ‘신지’가 마침내 눈을 뜬다. 그의 기억이 멈춘 사이 세계는 ‘네르프’와 반네르프 단체 ‘뷔레’가 격돌하는 새로운 국면에 접어들어 있다.  맞서 싸울 수 밖에 없는 운명의 아이들. 그들 앞에 완전히 새로운 세계가 펼쳐지기 시작한다.

모든 해적의 말살이 정의라고 믿는 전 해군 대장 제트 그는 부하인 아인, 빈즈와 함께 ‘NEO 해군’을 이끌며 막강한 고대 무기에 필적한다고 알려진, 거대한 에너지를 담고있는 광물 ‘다이나 스톤’을 강탈한다. 그리고 신세계의 바다 전체를 불태워 없애려는 계획을 실행에 옮기는 제트! 한편 신세계의 바다를 순항 중이던 루피와 밀짚모자 해적단은 ‘노란 원숭이’ 볼사리노와 혈투 끝에 정신을 잃고 표류하던 제트를 발견하고 구해준다. 하지만 의식이 돌아온 제트는 루피 일행이 해적이라는 걸 안 순간 다짜고짜 루피 일행에게 어마어마한 공격을 퍼붓기 시작하는데... 절체절명의 위기에 놓인 루피와 밀짚모자 해적단 그리고 신세계!

마침내 눈을 뜬 케르디오의 숨겨진 힘 최강의 상대와의 모든 것을 초월한 배틀이 시작된다!  포켓몬 마스터를 목표로 하나지방을 여행하고 있는 지우와 피카츄, 그리고 아이리스와 덴트는 기차를 타고 가던 중 지금껏 단 한번도 본 적이 없는 포켓몬이 상처를 입고 쓰러져 있는 것을 발견한다. 그 포켓몬은 포켓몬과 세계를 지키는 3마리의 ‘성검사’ (코바르온, 테라키온 비리디온)의 후계자인 어린 검사 ‘케르디오’! 지우 일행은 케르디오가 지상 최강의 드래곤 포켓몬인 ‘큐레무’를 상대로 엄청난 행동을 저질러 성검사들이 큰 위험에 처해있다는 것을 알게 되고, 그들을 구하기 위해 케르디오와 함께 길을 떠난다! 한편, 큐레무는 블랙큐레무와 화이트큐레무로 모습을 바꿔가며 상상을 초월하는 엄청난 힘으로 케르디오와 지우 일행을 계속해서 공격해오는데……  과연, 케르디오와 지우 일행은 큐레무의 공격을 이겨내고 성검사들을 무사히 구해낼 수 있을 것인 것인가?!

나미의 배신! 하지만 그녀의 배신에는 이유가 있다!  갑자기 고잉 메리호를 훔쳐서 달아난 나미. 루피, 조로, 우솝, 상디는 나미를 찾아서 아론 파크로 떠난다.  아론 파크는 아론이 지배하는 섬으로 마을 사람들은 8년째 고통 받고 있다.  나미는 마을을 구하기 위해 '1억 베리'를 모아 마을을 사겠다는 계약을 맺고 아론의 측량사로 일하고 있었다.  이제 조금만 더 모으면 마을도 자신도 자유로워질 수 있을 거란 희망으로 버티고 있는 나미.  하지만 그 희망은 절망으로 변하는데...