게임의 역사, 그것은 지금으로부터 5천년 전, 고대 이집트까지 거슬러 올라간다. 고대에 행해진 게임은 인간이나 왕의 미래를 예언하고 운명을 결정하는 마술적인 의식이었다. 그것들은 '어둠의 게임'이라 불렀다. 그리고, 지금 천년 퍼즐을 풀고 어둠의 게임을 계승한 소년이 있었으니... 빛과 어둠, 두 개의 마음을 가진 소년. 사람들은 그를 유희왕이라 부른다....
불량한 중학생 유스케는 여느때와 마찬가지로 여자친구인 케이코의 핀잔을 들으며 등교한 뒤, 그새를 참지 못하고 중간에 학교를 빠져나온다. 우연히 길에서 놀던 아이를 보고 주의를 주던 유스케는 아이가 사고를 당할 위기에 처하자 직접 뛰어들어 아이를 구한다. 이 일로 인해 목숨을 잃은 유스케. 그러나 염라대왕 jr로부터 환생을 약속받은 그는 영계 탐정으로서의 사명을 띄고 다시 한번 활약하게 된다......
성 하나조노 학원의 1학년 학생들인 하나사키 모모코, 타니마 유리, 타마노 히나기쿠는 매우 절친한 친구 사이이다. 세 명의 소녀들은 축구부 주장인 야나기바 카즈야를 흠모하여 그에게 접근할 생각으로 학교 신문부를 결성하지만, 그 계획은 골키퍼인 후마 요우스케에 의해 번번히 무산되고 만다. 어느날 그러한 세 사람에게 갑작스런 시련이 닥쳐오는데...
변방의 미개척 행성, 지표의 대부분이 사막인 이 행성은 과거의 유물인 아법기동로를 사용하고 있었다. 한편 우주에서는 제국과 레지스탕스의 싸움이 진행중이었고, 제국의 파파챠아리노 나나단은, 레지스탕스의 키네 아쿠아를 쫓던중 그녀를 놓치고 만다. 그러나 그녀의 우주선은 사막의 행성으로 추락. 이때 그녀의 우주선에서 흘린 팬을 어느 마을의 소년이 잡았고, 사람들은 신기가 내려왔다고 받들게 된다. 아법을 사용하는 이 행성에서 원형의 링에 문장을 그릴 수 있는 팬은 일종의 선택받은 물건이나 마찬가지이기 때문에, 따라서 비싸게 거래된다. 아운 프레이야는 오늘도 존경하는 가수와의 생활 자금을 벌기 위해서 또 신기를 가지고 도주하고, 오늘도 그녀의 뒤처리를 담당하는 소년 포톤 어스는 싫어하면서도 열심히 아운을 쫓아가서 잡아 오고 있었다.
