제 4차 닌자대전이 일어날 위기에 놓인 닌자세계의 모습 그리고 우정과 의리로 똘똘 뭉쳐 위기를 극복해 나가는 나루토의 고군분투와 동료들의 훈훈한 이야기를 그리고 있다.
현대와 전국시대를 오가던 가영과 이누야샤는 카라로부터 숙적 나락의 급소인 심장이 어디에 있는지를 알게 된다. 하쿠도시와 아기는 심장이 없는 나락은 껍데기일 뿐이라 생각하고 스스로 나락의 대신이 되기 위해 사혼의 구슬 조각을 모으면서 모료마루의 힘을 키운다. 이에 말려드는 셋쇼마루와 사혼의 구슬 조각을 가진 코하쿠, 코우가. 한편 금강은 사혼의 구슬을 완성시켜 나락을 소멸시키려 하고, 나락은 사악한 인간의 마음을 손에 넣고 금강을 기다리고 있다.
천 년 전에 존재했던 두 개의 강대국 - 신의 가호 '라파엘의 눈동자'를 받는 발스부르그 제국, 신의 가호 '미카엘의 눈동자'를 받는 라그스 왕국. 그러나 전쟁이 일어나고 라그스 왕국은 10년 전 멸망하였다. 발스부르그 제국 사관학교생 테이토 클라인은 미카게와 절친한 사이이다. 테이토는 발스부르그 육군 사관 학교의 졸업을 앞두고 있었다. 그러나 테이토는 잃었던 기억이 되살아나며 그의 일상이 변화가 찾아오는데.......
오래전 황금의 시대가 있었고, 백은의 시대가 있었고, 청동의 시대가 있었다. 청동의 시대의 종막으로부터 1200년이라는 긴 세월이 흐른 지금, 대륙에서는 새롭게 일어난 '신성제국'이 그 영토를 차례로 넓혀 가면서 지금은 잊혀진 이름이 된 '고대왕국'의 영역까지 넘보는 거대한 세력으로 발돋움하고 있었다. 그러던 중 제국의 침략을 받게 된 변경의 에린 섬에서는 전설의 마왕 아로운을 부활시키기 위해 게르족의 소녀 리안논을 산제물로 바치는 부활 의식이 거행된다. 예상치 못했던 요인들이 겹쳐 의식은 실패해 버린 듯 보였지만, 결국 마왕 아로운은 부활하고 이는 대륙의 운명을 크게 뒤흔들어 놓는데...
모두가 천하통일의 뜻을 펼치는 전국시대! 천하를 차지하기 위한 싸움 때문에 천하의 지형은 급격하게 바뀌고 있다. 오다 노부나가 역시 전국 재패의 뜻을 이루기 위해 세력을 모아 일어난다. 엄청난 속도로 세력을 넓혀가고 있는 오다 노부나가. 이런 노부나가를 저지하기 위해 다타 마사무네와 그의 라이벌이 될 사나다 유키무라가 나타난다. 천하통일의 꿈을 위해 싸움을 이어나가는 남자들의 이야기가 펼쳐진다!