미지의 존재인 '무'는 쥬피터 형태의 장벽으로 도쿄를 감싸 점령힌다. 도쿄에 남아있는 카미나 아야토는 어느 날 하루카라는 여인을 만나고, 자신이 세계를 변화시킬 사람이라는 말을 듣게 된다. 그녀의 도움으로 능력을 자각한 아야토는 절대 장벽 밖으로 나가려고 시도하는데...
2176년 지구, 20광년 떨어진 별의 폭발로 인해 지구는 엄청난 피해를 입었다. 태양계에 더 큰 피해를 끼칠 세컨드 웨이브가 임박한 2356년, 우주기지 파운데이션 스텔비아에 새로운 학생이 입학한다.
