사쿠라코 고등학교의 퀸카 치구사 나나와 열등반 학생 스기무라 카오루는 아파트 옆집에 사는 소꿉친구. 공부 잘하는 모범생 나나와 달리 카오루는 취미인 SM망상에 푹 빠져 지내는 나날이었는데, 어느 날 나나가 사소한 일로 카오루가 모으던 본디지(bondage) 의상을 입어버린다. 이 일을 계기로 나나와 카오루의 ‘비밀스러운 기분전환’이 시작되는데……
여고생 쿠로누마 사와코는 평범하고 순수한 마음과는 달리 치마까지 닿을 정도로 긴 생머리를 비롯한 음산한 겉모습 때문에 학교 아이들 사이에선 3초 이상 눈이 마주치면 일주일 안에 불행한 일이 생긴다거나 귀신을 볼 수 있다거나 하는 이상한 소문이 퍼졌고 심지어 이름조차도 공포영화에 나오는 여자귀신 이름 사다코로 잘못 알려지면서 기피대상으로 낙인찍혀 버린다. 그러던 어느 날, 이런 자신을 전혀 무서워하는 기색 없이 평범한 여자애로 대해주는 남학생을 보게 된다.
보통의 중산층의 사람들이 사는 '신시가'와 유복한 집안의 사람들이 주로 사는 '구시가'로 이루어져 있는 마을 '카가미다이' 신시가에 살고 있는 주인공 '우류 신고'는 남녀공학인 '사립 카가미다이학원'의 2학년생으로, 다니던 학원은 경영난에 빠져 내년 3월에 폐교될 예정이었다. 카가미다이학원은 구시가에 있는 명문 여학원 '유이히메 여학원', 통칭 '유이죠'와의 통합이 계획되어 현재 카가미다이학원에 다니던 1·2학년은 내년 4월부터 유이죠에 편입될 예정이었다.
이마가와 하야오는 서른살이 되었지만 여자와 손도 잡아본 적 없는 남자이다. 그래서 그는 심지어 인형으로 동정을 졸업하려고 한다. 안도 나츠 역시 서른살이 되기까지 남자와 스킨십을 해본 적 없는 여자이다. 그 둘에 앞에 나타난 피이와 쿠우 자매. 이들은 성애의 신으로 이 두 남녀를 이어주려고 하고 있다. 과연 그 결과는?
토모키를 오랫동안 짝사랑하던 히요리는 큰 마음을 먹고 자신의 마음을 토모키에게 고백한다. 그러나 그의 대답을 들으러 가는 길에 히요리는 사고로 죽게 된다. 히요리는 토모키가 보고 싶은 마음에 자발적으로 엔젤로이드가 돼, 제타라는 이름으로 다시 지상에 내려온다. 하지만 제타는 이미 적에게 세뇌 당한 엔젤로이드. 그녀는 토모키를 죽이라는 마스터의 명령을 받아 자신이 살던 마을을 파괴한다. 다른 엔젤로이드들이 히요리를 적으로부터 구해내려고 노력하지만, 그럴수록 제타의 폭주는 그칠 줄 모르는데…. 과연 엔젤로이드들은 무사히 히요리를 구할 수 있을까?
