사랑을 시작한 엔젤로이드! 과연 시냅스의 운명은 어떻게 될 것인가?  시냅스에서 떨어진 귀엽고 섹시한 엔젤로이드들과 동거하고 있는 토모키는 그야말로 평범한 평화주의자다. 그 중 최강의 엔젤로이드인 이카로스는 토모키를 마스터로 섬기고 있다. 아무런 감정 없이 토모키에게 절대 복종을 하던 이카로스는 어느날 부턴가 토모키에게 적극적으로 구애를 하는 다른 엔젤로이드들에게 질투를 느끼기 시작한다. 그리고 잃었던 기억이 돌아오면서 충격적인 기억을 떠올리게 된다.  이런 이카로스의 마음을 눈치 채지 못한 토모키. 그는 이카로스가 웃지 않는 이유를 자유롭지 않기 때문이라고 오해하여 더이상 자신에게 순종할 필요가 없다고 선언, 주종관계를 이어주던 사슬을 풀어준다. 하지만 이로 인해 이카로스는 더욱 큰 고민에 빠지게 된다.  사랑을 시작한 엔젤로이드. 또 그녀를 특별히 아끼는 토모키. 이와 연결된 시냅스의 운명. 최후의 이야기가 지금 시작된다.

가우나라는 미지의 생물체에 의해 지구가 멸망하였다.  몇명의 인류만 생존하여 우주선 시도니아를 타고 가우나를 피해 새로운 행성으로 도망치고 있었다. 그리고 시도니아의 인간형 병기 모리토를 조종하는 파일럿들은 가우나와 인류의 미래를 걸고 사투를 벌인다. 타니카제 나가테는 시도니아의 깊은 지하에서 할아버지와 살고 있었다. 할아버지는 사망했고, 먹을 음식마저 떨어져서 지상으로 나오게 된다. 우여곡절 끝에 그는 함장의 지시로 모리토의 파일럿이 된다. 그리고 자원 채굴을 위해 처음으로 출격한 타니카제의 앞에 100년 만에 가우나가 다시 나타나는데......

2199년, 가밀리스와 평화 협정을 맺은 야마토는 코스모리버스 시스템을 받아 지구로 귀환하고 있다. 하지만 지구로 돌아가던 그들 앞에 갑자기 의문의 함대가 나타나는데...! 

주인공 '아오바' 는 구 주민 구역에 있는 정크샵 '평범(헤이본)' 에서 아르바이트로 하루하루를 보내면서 할머니 타에와 둘이서 살고 있었다. 구 주민 구역의 젊은이들 사이에서는 어떤 게임이 유행하고 있었다. 짝을 지어 팀을 만들고 육탄전을 통해 영역 다툼을 벌이는 '리브스 티즈' 와 가상 세계를 무대로 한 전뇌 온라인 게임 '라임' 에 열광하는 '라이머.'  하지만 아오바는 그 어느 쪽에도 관심을 보이지 않고 그냥 할머니와 한가로이 지낼 수 있다면 그걸로 좋다고 생각했다.  그러나 그런 아오바가 알 수 없는 곳에서 평온한 나날을 뒤흔드는 이변은 확실하게 일어나기 시작했다.

2038년, 지구온난화에 따른 급격한 해수면 상승으로 몇몇 나라가 침수되기 시작하고 그리고 이를 기다렸다는 듯이 오버테크놀로지를 가진 구형함선 모습을 한 '안개함대' 라고 불리는 정체불명의 함대가 등장한다. 이 안개함대는 막강한 화력으로 전세계 해양 교통망과 공중 교통망을 장악하여 바다를 통하는 인간의 모든 교역로들을 끊어버리고 세계 경제는 붕괴위기에 직면한다. 이에 인간들도 총 전력을 투입하여 반격에 나서지만 압도적인 힘 앞에 패배 당한다. 안개함대와의 최종결전 이후 7년, 정치 경제는 붕괴되고, 통신위성 및 해저상 통신 케이블 파괴, 그리고 안개함대의 방해전파로 통신도 봉쇄되고 각국은 고립되고 만다.