크로우국에 살고 있는 샤오랑과 사쿠라. 신분의 차이를 넘어 마음을 나누던 두 사람이었지만, 갑자기 나타난 자객에 의해 이변이 일어난 사쿠라는 모든 기억을 잃고 만다. 사쿠라를 구할 방법은 단 하나. 다른 세계로 흩어진 기억의 깃털을 모으는 것.
네기 일행은 마법세계를 구하고 마호라 학원에 돌아간다. 그런데 교문에는 ‘마호라학원 중등부 졸업식’이라고 써있는 게 아닌가! 네기 일행은 혼란스러운 틈에도 졸업식을 준비하기 시작한다. 그때, 학원장실에서 네기를 호출한다. 학원장은 네기에게 네기와 동급생들과의 관계를 모조리 바꿔야 하는 결단을 내리도록 강요한다. 네기는 어쩔 줄 몰라 고민하는데……
불면증에 시달리는 나카미는 문화제를 준비하다가 천체관측실에서 그와 같이 불면증에 시달리는 마가리와 만난다. 둘은 서로 같은 고민을 안고 있는 것과 동시에 옆에 있을 때에는 잠을 잘 수 있다는 것을 알게된다. 둘은 천체관측실을 둘만의 비밀기지로 삼아 몰래 천체관측실에서 함께 자기도 하고 휴식을 취하기도 한다. 하지만 얼마 가지 못해 천체관측실의 무단 사용이 학교 측에 알려지게 되고 쫒겨날 위기에 처하게 된다. 그 때 나카미의 빠른 머리회전으로 천문부를 부활시켜서 쫒겨나는 것을 막고 둘만의 부 활동을 시작한다. 그들은 활동을 함께하면서 서로에게 점점 희미한 사랑을 더해 간다.
