사토 이치로는 보통 학생으로서 고교 데뷔에 성공했을 터였다. 어느 날 밤, 분실물을 찾기 위해 향한 학교에서 수수께끼의 파란 마녀와 만나고 그의 교실에서의 입장은 크게 바뀌어 버린다. 마녀의 정체는 이치로의 같은 반 친구인 사토 료코였던 것이다. 그녀는 진짜 마녀일까? 아니면 그저 코스플레이를 한 여자일까? 또한 료코로 인해, 반에 숨어 있던
불교를 창시한 성자 붓다, 기독교의 시조 예수, 룸메이트가 된 두 성인의 이야기. 바쁜 일을 마친 예수와 붓다. 다른 신들은 이미 휴가를 떠났고 이 둘은 뒤늦게나마 휴가 떠날 곳을 찾고 있다. 서로는 원하는 바가 있었는데, 먼저 예수는 밥이 맛있고 인터넷이 잘 터지는 곳을 원했고 붓다는 물이 깨끗하고 주식이 쌀인 나라를 원했다. 처음 예수는 스페인을 가고 싶어 했지만 스페인은 주식이 밀가루라 패스. 결국 타협 하에 선택한 나라가 일본! 유명한 거장 두 성인의 일본 룸메이트 에피소드!!
300년 후의 미래. 유전자 변이를 일으킨 식물들이 생각을 할 수 있게 되고, 숲은 사람들을 습격하게 된다. 숲과 인간이 공생하고자 마련한 중립도시에 살고 있는 아기토는 접근금지 구역인 샘의 바닥에서 300년 전부터 잠들어 있는 소녀를 만나게 된다. 이 소녀는 인간 문명 사회를 구할 열쇠를 쥐고 있는데...