방과 후, 우연히 학교 옥상에서 만난 딸기 팬티의 미소녀. 평범한 중학교 3학년 마나카 준페이는 저녁놀에 비친 그 소녀의 모습에 완전히 마음을 뺏기고 만다. 옥상에 떨어져 있던 수학노트를 단서로 그녀를 찾지만, 노트의 주인은 같은 반의 수수하기 그지없는 여자 아이, 토죠 아야였다. 마나카의 친구인 오오쿠사와 코미야마는 옥상에서 만난 소녀가 아마도 학년 최고의 미소녀 니시노 츠카사일 거라고 단언하고, 마나카는 확신도 없이 고백하기로 결심한다. 그날 밤, 마나카는 아야의 노트에 써있던 소설을 읽고 감동해, 아무한테도 말한 적 없던 영화감독의 꿈을 아야에게 털어놓고 장래의 꿈에 대해 이야기한다. 이후 아야의 조언을 따라 용기를 내어 츠카사에게 고백하는 날이 오고, 뜻밖에도 츠카사는 서슴없이 승낙한다. 아이돌 뺨치는 미소녀를 여자친구로 만들긴 했지만 그 순간, 딸기 팬티의 미소녀가 눈앞을 달려간다.
스토리는 어릴적 교회의 박해로 양친을 잃고 메이요르 후작 곁에서 자라난 소녀 릴리스 메이르 코르아가 권력의 상징으로 불리는 대검 칼브리누스를 손에 넣은 뒤 전승을 쫓아, 흡혈귀 헌터의 유일한 계승자 '로뮤알드' 미즈무라 신타의 아이를 낳고 아이와 신타를 죽이기 위해, 그를 유혹 하면서 발생하는 에피소드를 그리고 있다.
사랑을 시작한 엔젤로이드! 과연 시냅스의 운명은 어떻게 될 것인가? 시냅스에서 떨어진 귀엽고 섹시한 엔젤로이드들과 동거하고 있는 토모키는 그야말로 평범한 평화주의자다. 그 중 최강의 엔젤로이드인 이카로스는 토모키를 마스터로 섬기고 있다. 아무런 감정 없이 토모키에게 절대 복종을 하던 이카로스는 어느날 부턴가 토모키에게 적극적으로 구애를 하는 다른 엔젤로이드들에게 질투를 느끼기 시작한다. 그리고 잃었던 기억이 돌아오면서 충격적인 기억을 떠올리게 된다. 이런 이카로스의 마음을 눈치 채지 못한 토모키. 그는 이카로스가 웃지 않는 이유를 자유롭지 않기 때문이라고 오해하여 더이상 자신에게 순종할 필요가 없다고 선언, 주종관계를 이어주던 사슬을 풀어준다. 하지만 이로 인해 이카로스는 더욱 큰 고민에 빠지게 된다. 사랑을 시작한 엔젤로이드. 또 그녀를 특별히 아끼는 토모키. 이와 연결된 시냅스의 운명. 최후의 이야기가 지금 시작된다.
