방과 후, 우연히 학교 옥상에서 만난 딸기 팬티의 미소녀. 평범한 중학교 3학년 마나카 준페이는 저녁놀에 비친 그 소녀의 모습에 완전히 마음을 뺏기고 만다. 옥상에 떨어져 있던 수학노트를 단서로 그녀를 찾지만, 노트의 주인은 같은 반의 수수하기 그지없는 여자 아이, 토죠 아야였다. 마나카의 친구인 오오쿠사와 코미야마는 옥상에서 만난 소녀가 아마도 학년 최고의 미소녀 니시노 츠카사일 거라고 단언하고, 마나카는 확신도 없이 고백하기로 결심한다. 그날 밤, 마나카는 아야의 노트에 써있던 소설을 읽고 감동해, 아무한테도 말한 적 없던 영화감독의 꿈을 아야에게 털어놓고 장래의 꿈에 대해 이야기한다. 이후 아야의 조언을 따라 용기를 내어 츠카사에게 고백하는 날이 오고, 뜻밖에도 츠카사는 서슴없이 승낙한다. 아이돌 뺨치는 미소녀를 여자친구로 만들긴 했지만 그 순간, 딸기 팬티의 미소녀가 눈앞을 달려간다.
보통의 중산층의 사람들이 사는 '신시가'와 유복한 집안의 사람들이 주로 사는 '구시가'로 이루어져 있는 마을 '카가미다이' 신시가에 살고 있는 주인공 '우류 신고'는 남녀공학인 '사립 카가미다이학원'의 2학년생으로, 다니던 학원은 경영난에 빠져 내년 3월에 폐교될 예정이었다. 카가미다이학원은 구시가에 있는 명문 여학원 '유이히메 여학원', 통칭 '유이죠'와의 통합이 계획되어 현재 카가미다이학원에 다니던 1·2학년은 내년 4월부터 유이죠에 편입될 예정이었다.
평소 동경하던 JR그룹에 취직해 신칸센 철도기관사가 되는 것을 꿈꾸는 고교생 타카야마 나오토. 두근거리는 마음으로 OJT(직장 내 교육훈련)를 시작하지만, 나오토가 들어가게 된 곳은 운전과가 아닌 중앙철도공안실 경계반, 통칭 '케이욘(警四)'이었다! 영문도 모른 채 반장대리가 되어버린 평범한 고등학생 나오토. 사격과 격투기 실력이 뛰어난 여걸 사쿠라이 아오이, 기억력이 뛰어난 천재 아가씨 코우미 하루카, 근육뇌의 열혈병환자 이와이즈미 쇼와 함께 나오토가 맞서야 할 사건은 미아찾기에서 시작해서 폭탄제거까지!? 차례차례 휘말리는 여러가지 사건들. 나오토 일행은 이를 해결할 수 있을 것인가? 4명의 고등학생이 얽히는 청춘철도액션이 드디어 출발진행!
