위타천, 마족, 그리고 인류. 위타천이라 불리는 압도적인 속도 및 강세 싸움의 신들이 세계를 파멸로 이끌고 가는 마족을 봉쇄한 지 800년이 지났다. 현재는 그 싸움이 옛날 이야기로밖에 생각되지 않는 것이었다. 평온 세대의 위타천들은 태어난 이래 한번도 싸우지 않고 오랫동안 잠들어 있다가 누군가에게 마족을 부활시켜 버렸다. 거기서 사용할 수 있는 것은 무력, 지략, 정치, 그리고 음모 등. 아무도 모르는 금단의 배틀로얄이 막이 오려 한다.
때는 세기말이라 불리는 1998년, 케론별에서는 지구 정복 계획을 세운 뒤 다섯 명의 소대원으로 구성된 선행 부대, 케로로 소대와 본대를 파견했다. 하지만 모종의 사고로 케로로 소대원들은 현지에서 뿔뿔이 흩어지게 됐고 소대의 대장이었던 케로로는 어느 가정집에 불시착하게 된다. 오늘도 등교 준비로 분주한 히나타 남매. 하지만 누나 나츠미는 일찌감치 교복까지 다 갈아입은 반면 동생 후유키는 아직도 꿈나라에 가 있었다. 이에 화가 난 그녀는 동생을 깨우기 위해 동생이 좋아하는 외계인이 있다고 소리친다. 그런데 그 말을 듣고 깨어난 후유키의 시선은 나츠미의 뒤를 향했고 고개를 돌린 나츠미 역시 경악했다. 멀쩡하던 벽지가 서서히 갈라지더니 정체 모를 초록개구리가 이상한 공까지 든 채로 서 있었기 때문이다.
