일본의 어딘가에 존재하는 세상에서도 굴지의 명문 여고인 성 미아토르 여학원, 성 스피카 여학원, 성 르 림 여학원에 다니게 되어버린 3명의 소녀인 나기사, 히카리, 키즈나. 게다가 3명 모두 집을 떠나고, 3학원 합동 기숙사인
마법소녀 마도카☆마기카 시작의 이야기 - 극장판1 . 마법소녀 마도카☆마기카 영원의 이야기 - 극장판2 . 마법소녀 마도카☆마기카[신편] 반역의 이야기 -극장판3
그 날 카라쿠라 마을에는 처음으로 이변이 일어났다. 정체를 알 수 없는 생물체 '블랑크' 무리가 마을을 떠돌기 시작한 것이다. 이변에 대해 조사를 시작한 사신대행 쿠로사키 이치고와 쿠치키 루키아. 그런 그들 앞에 참백도 미륵환을 든 수수께끼의 소녀 센나가 나타난다. 소속부대를 비롯해 자신에 대해서는 어떠한 이야기도 하려하지 않는 센나의 정체는 베일에 가려진 채였다.
