서점에서 일하는 미카도 고스케는 언뜻 평범한 청년이지만 어릴 때부터 영혼이 보이는 특이체질에 시달리고 있었다. 어느날 서점에 찾아오는 제령사 히야카와 리히토가 그 체질을 알아내 권유에 의해 그의 제령사무소의 조수가 되었다. 여러가지 의뢰를 받고 제령업무를 하는 가운데, 두 사람은 형사인 한자와 히로키로부터 1년 전에 일어난 연쇄살인사건 이야기를 꺼내게 되어 그 수수께끼를 쫓게 되었다.
때는 세기말이라 불리는 1998년, 케론별에서는 지구 정복 계획을 세운 뒤 다섯 명의 소대원으로 구성된 선행 부대, 케로로 소대와 본대를 파견했다. 하지만 모종의 사고로 케로로 소대원들은 현지에서 뿔뿔이 흩어지게 됐고 소대의 대장이었던 케로로는 어느 가정집에 불시착하게 된다. 오늘도 등교 준비로 분주한 히나타 남매. 하지만 누나 나츠미는 일찌감치 교복까지 다 갈아입은 반면 동생 후유키는 아직도 꿈나라에 가 있었다. 이에 화가 난 그녀는 동생을 깨우기 위해 동생이 좋아하는 외계인이 있다고 소리친다. 그런데 그 말을 듣고 깨어난 후유키의 시선은 나츠미의 뒤를 향했고 고개를 돌린 나츠미 역시 경악했다. 멀쩡하던 벽지가 서서히 갈라지더니 정체 모를 초록개구리가 이상한 공까지 든 채로 서 있었기 때문이다.
