천 년 전에 존재했던 두 개의 강대국 - 신의 가호 '라파엘의 눈동자'를 받는 발스부르그 제국, 신의 가호 '미카엘의 눈동자'를 받는 라그스 왕국. 그러나 전쟁이 일어나고 라그스 왕국은 10년 전 멸망하였다. 발스부르그 제국 사관학교생 테이토 클라인은 미카게와 절친한 사이이다. 테이토는 발스부르그 육군 사관 학교의 졸업을 앞두고 있었다. 그러나 테이토는 잃었던 기억이 되살아나며 그의 일상이 변화가 찾아오는데.......
그 날 카라쿠라 마을에는 처음으로 이변이 일어났다. 정체를 알 수 없는 생물체 '블랑크' 무리가 마을을 떠돌기 시작한 것이다. 이변에 대해 조사를 시작한 사신대행 쿠로사키 이치고와 쿠치키 루키아. 그런 그들 앞에 참백도 미륵환을 든 수수께끼의 소녀 센나가 나타난다. 소속부대를 비롯해 자신에 대해서는 어떠한 이야기도 하려하지 않는 센나의 정체는 베일에 가려진 채였다.
