대기업 아마기 코퍼레이션에서 운영하는 투기장. 그 곳에서 만들어진 생명체 플레이어(ZETMAN)은 본래 아마기 그룹을 위해 아무 의지 없이 싸우던 생명체였으나, 어느 순간 갑자기 지성을 가지게 된 개체가 나오면서 13명의 플레이어가 반역을 일으키고는 탈주하여 인간사회로 숨어든다. 아마기 그룹은 이런 플레이어들을 회수하기 위해 ZET라는 새로운 사냥용 플레이어를 만들지만, 어느 한 연구원에 의해 ZET는 사라지고 만다...
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때는 세기말이라 불리는 1998년, 케론별에서는 지구 정복 계획을 세운 뒤 다섯 명의 소대원으로 구성된 선행 부대, 케로로 소대와 본대를 파견했다. 하지만 모종의 사고로 케로로 소대원들은 현지에서 뿔뿔이 흩어지게 됐고 소대의 대장이었던 케로로는 어느 가정집에 불시착하게 된다. 오늘도 등교 준비로 분주한 히나타 남매. 하지만 누나 나츠미는 일찌감치 교복까지 다 갈아입은 반면 동생 후유키는 아직도 꿈나라에 가 있었다. 이에 화가 난 그녀는 동생을 깨우기 위해 동생이 좋아하는 외계인이 있다고 소리친다. 그런데 그 말을 듣고 깨어난 후유키의 시선은 나츠미의 뒤를 향했고 고개를 돌린 나츠미 역시 경악했다. 멀쩡하던 벽지가 서서히 갈라지더니 정체 모를 초록개구리가 이상한 공까지 든 채로 서 있었기 때문이다.
